Под его духовным руководством Патриаршая церковная школа приступила к переводу на африканские языки литургических текстов, духовной, в том числе святоотеческой, литературы. Много времени Макарий уделял работе с православной молодёжью Кении, проводил семинары, конференции, фестивали, концерты, театральные представления и другие мероприятия, начал издание молодёжного журнала Православного христианского союза Кении и ежегодника «Year Book and Review» (с 1998 г.). Поддерживал строительство храмов, больниц, детских садов, приютов и школ, которые действуют под эгидой православной церкви. В сентябре 1997 г. Синод назначил Макария директором Патриаршей библиотеки в Александрии. 13 февраля 1998 г. он был избран митрополитом Зимбабвийским, а 22 февраля 2001 г. – митрополитом Кенийским и Иринупольским. С 2005 г. носит титул «митрополит Кенийский», с 24 ноября 2015 г. – «митрополит Найроби». В 2019 г., до 5 декабря, также временно управлял Кисумской епархией. Миссионерская и научная деятельность Макария была отмечена наградами православных церквей Кипра, Греции, Болгарии, Финляндии, а также ряда организаций и фондов. Благодаря своей переводческой деятельности Патриаршая церковная школа в Найроби стала лауреатом премии Международного фонда единства православных народов за 2007 г., Макарий был награждён тем же фондом за усилия в распространении православия на африканском континенте. Начиная с 1973 г. Макарий представляет Александрийскую и Кипрскую церкви на различных межправославных и межхристианских мероприятиях. Особенно активное участие принимал в богословском диалоге с англиканами. Макарий также является представителем Александрийского патриархата в диалогах с Римско-католической церковью, лютеранской и реформатскими церквами. Он непременный участник заседаний Совета Ближневосточных Церквей и встреч их предстоятелей. Макарий – член Центрального комитета ВСЦ и его комиссии «Вера и церковное устройство». Со студенческих лет до настоящего времени выступает с научными докладами на международных конгрессах, в том числе на патрологических конференциях Оксфордского университета. Параллельно с пастырской деятельностью Макарий продолжает научные исследования и написание статей и книг, посвящённых истории православных церквей (Кипрской, Александрийской, Константинопольской, в том числе развитию церковных, культурных и политических связей России и Кипра), греческой эмиграции, церковным деятелям с IV в. до настоящего времени, творчеству поэтов и литераторов, а также является автором исследований по истории и культуре африканских племён. Описание опыта работы в Африке изложено в трёхтомнике, озаглавленном по-гречески «Свидетельства жизни», а по-английски «Приключения в невидимом мире» («Adventures in the Unseen»). Сочинения Макария опубликованы на английском, греческом, французском, итальянском, русском, арабском, фламандском, финском, кикуйю, суахили и других языках. Кроме родного языка Макарий пишет и говорит на английском, французском, итальянском и русском языках. Совершает богослужение и проповедует в Кении на множестве африканских диалектов.