В августе 1918 г. Макарий вместе с представителями исламского духовенства Владикавказа, раввином, лютеранским пастором, католическим ксёндзом и священником Армянской Апостольской церкви подписал обращение о предотвращении межрелигиозной вражды. 30 марта 1919 г., после взятия Владикавказа белыми войсками, Макарий торжественно приветствовал их командующего генерала Антона Ивановича Деникина во владикавказском Михаило-Архангельском кафедральном соборе. В мае того же года принял участие в Юго-Восточном русском церковном Соборе в Ставрополе, на котором для организации церковной жизни на территории, занятой войсками генерала А.И. Деникина, было учреждено Временное высшее церковное управление на Юго-Востоке России (ВВЦУ ЮВР). Макарий был избран кандидатом в члены ВВЦУ ЮВР, однако активного участия в его работе не принимал. В марте 1920 г. Владикавказ был взят Красной Армией, Макарий остался в городе. 10 октября того же года предстал перед судом Терского областного ревтрибунала по обвинению в контрреволюционной деятельности во время правления белых – произнесении приветственной речи в адрес генерала А.И. Деникина, распространении листовок, призывавших к борьбе с советской властью, а также в сокрытии материальных ценностей. Во время суда Макарий заявил о своём сочувствии декрету «Об отделении Церкви от государства...». Трибунал приговорил его к заключению в лагерь принудительных работ на всё время гражданской войны, но, принимая во внимание преклонный возраст осуждённого, заменил наказание на высылку в Пермскую губернию. Исследователи полагают, что высылка была отменена из-за обострения болезни епископа, в январе 1921 г. ему была сделана операция с трепанацией черепа. В феврале того же года он был вновь арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности. Тогда же решением местных властей был распущен епархиальный совет. 18 апреля 1921 г. Макарий был приговорён к пяти годам лишения свободы в лагере принудительных работ, но уже в конце мая того же года его освободили ввиду ухудшения состояния здоровья. В апреле-мае 1922 г. Макарий поддержал мероприятия властей по изъятию церковных ценностей, а в конце августа того же года примкнул к обновленчеству вместе с большей частью епархиального духовенства. В том же году переехал из Владикавказа в Пятигорск и стал именоваться епископом Пятигорским. Был возведён обновленцами в «архиепископа». 10 июля 1923 г. назначен управляющим обновленческой Пензенской епархией. 8 августа того же года стал членом обновленческого синода. С ноября 1923 г. – обновленческий «архиепископ» Нижегородский. В августе 1924 г. уволен на покой. Сведений о дальнейшей судьбе Макария у исследователей нет.