В марте 1988 г. возведён в сан архимандрита. 21 апреля 1988 г. на богословском факультете университета имени Мартина Лютера в Галле защитил докторскую диссертацию «Из истории храма равноапостольной Марии Магдалины в Веймаре». В декабре 1988 г. Макарий был назначен на должность инспектора Московской духовной академии и утверждён в звании доцента. В сентябре 1989 г. назначен ректором в новооткрытую Тобольскую духовную семинарию. В Тобольске был избран в депутаты городского совета. Принимал участие в работе поместного Собора 1990 г., избравшего на Первосвятительский престол Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера). В июле 1990 г. назначен ректором новооткрытой Ставропольской духовной семинарии. Через год Макарий вернулся в Троице-Сергиеву лавру. В сентябре 1992 г. восстановлен в штате Московской духовной академии и семинарии на кафедре истории Русской церкви. В 1994 г., в день Покрова Пресвятой Богородицы, утверждён в должности первого проректора Московской духовной академии и семинарии. 14 марта 1996 г. Макарий защитил в Московской духовной академии магистерскую диссертацию «Жизнь и труды святителя Макария, митрополита Московского и всея Руси», за которую в 1997 г. был удостоен Макариевской премии. В 2004 г. утверждён в звании профессора. С июня 2001 г. по март 2010 г. был заведующим регентской школой при Московской духовной академии. В 2014 г. ему присвоено учёное звание доктора церковной истории. Макарий готовил материалы для канонизации Московского митрополита Макария к 1000-летию Крещения Руси в 1988 г. Он – постоянный участник ежегодных Макариевских чтений в Можайске, занимался подготовкой издания «История Русской Церкви» митрополита Макария (Булгакова) (1994–1996 гг.). В качестве докладчика принимал участие в различных международных, всероссийских и региональных конференциях. Награждён орденами РПЦ во имя преподобного Сергия Радонежского второй и третьей степени, князя Даниила Московского второй и третьей степени, святителя Макария третьей степени и другими наградами. С 1989 г. Макарий (Веретенников) – член Синодальной литургической комиссии, с начала издания «Православной энциклопедии» – член её Научно-редакционного совета, экспертного совета по Макарьевским премиям. Библиография насчитывает более 750 публикаций.