В рамках описания храмов Воронежского уезда Н.И. Поликарпов подготовил исторические очерки о мужских монастырях: Митрофановом Воронежском в честь Благовещения Пресвятой Богородицы мужском монастыре и Акатовом во имя святителя Алексия женском монастыре. Несколько статей Н.И. Поликарпов посвятил личностям, оставившим заметный след в жизни Воронежской епархии: епископу Льву (Юрлову), архиепископу Димитрию (Самбикину), первому председателю ЦИАК Александру Матвеевичу Правдину, кроме того, напечатал духовное завещание архиепископа святителя Антония (Смирницкого). Был награждён орденами святой Анны третьей степени, святого Станислава третьей и второй степени. В 1915 г., после гибели на фронте сына, в жизни Н.И. Поликарпова произошёл духовный перелом. Он уехал из Воронежа и поступил в Киевскую духовную академию, которую окончил в 1919 г. со степенью кандидата богословия. После этого несколько лет жил на случайные заработки в Киеве: работал конторщиком в сыпнотифозной больнице, затем преподавал в лесной гимназии и трудовой школе. 16 марта 1922 г., «желая замолить грехи свои и своих умерших родителей и детей», Н.И. Поликарпов принял монашество в Киево-Печерской лавре с именем Митрофан. По совместительству со служением в лавре состоял научным сотрудником Всеукраинской Академии Наук. 10 июля 1922 г. Митрофан был рукоположён во диакона, 9 ноября 1923 г. – во иерея. Митрофан переписывался с земляками и сообщал им о своём стремлении вернуться в Воронеж. В августе 1923 г. отправил Воронежскому митрополиту Владимиру (Шимковичу) два письма, которые были перехвачены ОГПУ. Обращение Митрофана к митр. Владимиру (Шимковичу), который оставался в подчинении патриарха Тихона (Беллавина), позволяло сотрудникам ОГПУ сделать вывод о его враждебности обновленчеству. В начале 1924 г. Митрофан побывал в Москве. 7 января патриарх Тихон (Беллавин) возглавил хиротонию Митрофана во епископа Бутурлиновского, викария Воронежской епархии. 1 февраля 1924 г. Митрофан прибыл в Воронеж. Появление в городе человека, которого хорошо знали по предшествующей деятельности, встревожило обновленцев, и они написали множество доносов о том, что Митрофан агитирует не только против «Живой Церкви», но и «против Соввласти и большевистской партии». ОГПУ немедленно приняло меры по пресечению деятельности Митрофана, за ним была установлена слежка.