В связи с этим торжеством Митрофан заказал Суздальскому собору новые медные двери. После оставления своей кафедры 16 сентября 1229 г. Ростовским епископом Кириллом I Митрофан занял Ростовскую кафедру. 9 марта 1230 г. вместе с членами великокняжеской семьи и «со всем клиросом, и со игумены, и княгыни з детьми, и вси людье» Митрофан торжественно встречал со «свещами» за одну версту от Владимира мощи мученика Авраамия Болгарского, которые были погребены во владимирском Княгинине в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре. Вскоре князья братья Константиновичи обратились к Владимирскому великому князю Георгию Всеволодовичу и к епископу, чтобы те разрешили поставить на Ростовскую кафедру преемника Митрофана во владимирском Рождественском монастыре «Кирила, игумена и архимандрита», который в 1230 г. стал епископом Ростовским («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2). 14 апреля 1230 г. во Владимире Митрофан обвенчал князя Всеволода Георгиевича с княгиней Марией Владимировной, дочерью Киевского великого князя Владимира (Димитрия) Рюриковича. Летом 1230 г. должен был принимать участие во встрече и в переговорах во Владимире с Киевским митрополитом Кириллом I (II), Черниговским епископом Порфирием и настоятелем киевского Спасского на Берестове монастыря игуменом Петром Акеровичем, которые стремились заключить мир между князьями Северо-Восточной и Южной Руси («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2). В 1230 г. при участии Митрофана «написана бысть церквы святая Богородица в Суждали», а затем «измощена» привозным красным мрамором. Исследователи не сомневаются, что Митрофан благословил князя Святослава Всеволодовича на возведение в Юрьеве-Польском нового каменного собора во имя великомученика Георгия Победоносца, освящённого в том же году. В 1237 г. последними большими строительными акциями Митрофана стали постановка кивота во владимирском Успенском соборе «над трапезою», который был украшен «златом и сребром», а также роспись притвора в этом соборе («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2). 2–7 февраля 1238 г. Митрофан принимал участие в организации обороны Владимира от нападения войск монгольского царевича Батыя. 7 февраля 1238 г., после захвата отрядом монголов города, Митрофан с членами великокняжеской семьи, их родственниками и боярами заперся в стенах Успенского собора, где молился, всех духовно укреплял и причащал. Во время пожара, устроенного монголами, задохнулся от дыма («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2).