Особый интерес для В.И. Малышева представлял район низовой Печоры – от Усть-Цильмы до Пустозёрска и Нарьян-Мара, связанный с именем протопопа Аввакума Петрова и с Великопоженским скитом, северным «подворьем» Выголексинского общежительства. Занятия печорскими рукописями (В.И. Малышев собрал их больше тысячи) позволили установить, где находились книгописные мастерские, очертить круг чтения печорских крестьян, выявить местных прозаиков и поэтов. Итогом археографического обследования реки Печоры стала книга «Усть-Цилемские рукописные сборники XVI–XX вв.» (Сыктывкар, 1960 г.) – образцовое исследование рукописной традиции, истории и культуры этого северного края. Вторая тема научных занятий и археографических поисков В.И. Малышева – жизнь и творчество протопопа Аввакума Петрова. В.И. Малышев открыл не известные раньше сочинения Аввакума, установил новые факты его биографии, собрал аввакумовскую библиографию. Важными итогами работы стало издание «Пустозёрского сборника» (1975 г.) с автографами Житий Аввакума и Епифания (поступившего в собрание Древлехранилища Института русской литературы (Пушкинского Дома) Академии Наук СССР (ИРЛИ) во многом благодаря стараниям В.И. Малышева) и составление «Летописи жизни и творчества Аввакума» (не окончена; опубликована: «Древнерусская книжность». 1985 г.). К древнерусским рукописям В.И. Малышев относился как к неотъемлемой части современной русской культуры и был неустанным пропагандистом этой «живой старины». Начатое им направление археографической работы нашло продолжение в деятельности других научных центров (Москвы, Ленинграда (Санкт-Петербурга), Новосибирска, Екатеринбурга). Отчёты об археографических экспедициях В.И. Малышева и других специалистов публиковались в «Трудах Отдела древнерусской литературы» в разделе «По рукописным собраниям», создателем и постоянным редактором которого был В.И. Малышев. В.И. Малышев был членом Комитета славистов, Географического общества, Межведомственного научно-методического совета по приобретению документальных материалов в собственность государства. Вёл обширную переписку с издательствами, редакциями журналов, с писателями (Фёдором Александровичем Абрамовым, Борисом Константиновичем Зайцевым, Леонидом Максимовичем Леоновым, Юрием Павловичем Казаковым, Юрием Марковичем Нагибиным, Варлаамом Тихоновичем Шаламовым), дарителями и старообрядцами (священником Евгением Алексеевичем Бобковым, Иваном Никифоровичем Заволоко), зарубежными славистами и деятелями культуры (Джеймсом Хэдли Биллингтоном, Д.Н. Брещинским, Сергеем Александровичем, Леонидом Фёдоровичем Зуровым, Сергеем Михайловичем Лифарём, Андре Мазоном, Ёсикадзу Накамурой, Пьером Паскалем, А. В. Флоренским, Романом Осиповичем Якобсоном), церковными деятелями (в том числе с Саратовским и Вольским епископом Пименом (Хмелевским)). Неутомимая археографическая деятельность В.И. Малышева и его самобытный характер нашли отражение в повести Дмитрия Анатольевича Жукова «Владимир Иванович» (М., 1981 г.). Ежегодно в начале мая в Институте русской литературы (Пушкинском Доме) Академии Наук СССР (ИРЛИ) проходят Малышевские чтения (в 2017 г. состоятся сороковое чтения). Продолжением научных традиций В.И. Малышева служит издание сборников статей, посвящённых изучению рукописного наследия Древлехранилища Института русской литературы (Пушкинского Дома) Академии Наук СССР (1972, 1985, 1990 гг.).