На высокий статус погребённых указывают: обилие орнаментированных плит, в XIII–XIV вв. ещё редких; остатки и следы саркофагов; фрагмент «ожерелка» из златошитой константинопольской ткани (XIII в.); стеклянный браслет на руке девочки-подростка (XIII–XIV вв.). Состав древнейших надгробных плит, ключевых для культуры Москвы, в Московском Богоявленском монастыре уникален и образует важнейшее звено в истории этих артефактов. Древнейшие гладкие белокаменные доски без орнамента, вытянутых пропорций, прямоугольные (без расширения в изголовьях), иногда выпуклые и со стёсанным краем, обнаружены над могилами XIII (?) в. (шесть случаев). Сохранились фрагменты ещё пяти – семи надгробий (XIII–XIV вв.), в том числе с рельефом на поверхности, фасетками и зубчатой каймой по краю, и пяти тонких (6,5–11 см) белокаменных «досок» XIV–ХV вв. с архаичным орнаментом (единичное центральное клеймо, центральная полоса, Y-образные композиции). Все древние плиты остались без надписей. Исследователи отмечают, что по облику этот некрополь близок к остаткам древнейшего кладбища на месте Успенского собора Кремля. Важная особенность кладбища и деревянного храма – устойчивая и традиционная для Руси ориентировка алтаря на восток с допустимым весенним отклонением восхода на широте Москвы (62–64° ВСВ). Это резко отличается от направления осей обоих каменных соборов, фактически северного (43–44° ССВ и 40° ВСВ), продиктованного перепланировкой монастырского участка в соответствии с новой линией Никольской ул. в XV–XVI вв. Храм и кладбище существовали достаточно долго, в течение нескольких десятилетий: после новых погребений нарушали предыдущие, а общий диаметр площадки для погребений превзошёл 30 м (полная площадь исследователям неизвестна). Кладбище погибло вместе с храмом при сильном пожаре (часть надгробий обгорела до состояния извести) и было заброшено: горелый слой могилами не нарушался. После кратковременного запустения на месте пожарища приступили к постройке каменного храма: были изучены выбросы изо рвов, следы работы с известняком и раствором, обратная засыпка рвов, заполнение цокольного пространства толстым слоем отесков камня. Наиболее поздние фрагменты керамики из слоя строительства датируются серединой XIV в. – началом XV в. Исследователи полагают, что этот белокаменный собор можно считать первым каменным храмом вне Кремля. Ранее известный по упоминаниям в копийной книге и немногих документах, он приобрёл теперь некоторые конкретные черты. К моменту строительства собора планировка участка изменилась, так что ось пришлось резко повернуть. Общая ширина собора близка к 11,5 м (изнутри 8–8,4 м), длина (с апсидой) достигает 17,5 м, толщина стен по подошве – не более 2,2 (в чистой кладке менее 1,5 м), сторона столба в основании – до 1,4–1,5 м. Продольные нефы узкие: ширина центрального 2,6–2,8 м; северный (1,2–1,5 м) шире южного (1,1–1,3 м), что исследователи объясняют значением жертвенника в ходе богослужения. Наиболее широкий неф – поперечный неф средокрестья (3,6 м).