В 1989 г. возобновлено издание ежемесячного журнала «Воронежский епархиальный вестник», с 1998 г. издаётся ежемесячная газета «Воронеж православный», с 2001 г. – «Паломнический листок» (издание паломнического отдела епархии). В 1985–1989 гг. Мефодий был председателем Финансово-хозяйственного управления Московского патриархата, принимал активное участие в подготовке празднования 1000-летия Крещения Руси. 26 июля 1985 г. возведён в сан архиепископа. В 1987 г. назначен председателем Комиссии по реставрации и строительству московского мужского Данилова во имя преподобного Даниила Столпника монастыря. 1 апреля 1988 г. возведён в сан митрополита. 1 февраля 1990 г. назначен представителем РПЦ в Православно-католической комиссии по урегулированию отношений православных и католиков восточного обряда на Западной Украине. С 1997 г. – член Попечительского совета по изданию «Православной энциклопедии». С 1998 по 2003 гг. – председатель Фонда по премиям памяти митрополита Макария (Булгакова). В 2000–2003 гг. – председатель Историко-правовой комиссии РПЦ. Возглавлял редакционный совет ежеквартального журнала Макариевского фонда «Исторический вестник». С 17 марта 2001 г. по 7 февраля 2004 г. – член Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации. Решением Священного Синода РПЦ от 7 мая 2003 г. возглавил новообразованный Митрополичий округ в Казахстане с титулом «митрополит Астанайский и Алма-Атинский». С 2003 по 2010 гг. был ректором Алма-Атинского духовного училища. При Мефодии в Казахстане были построены кафедральный Успенский собор в городе Астана, новая резиденция главы Митрополичьего округа в городе Алма-Ате, возрождён Иверско-Серафимовский женский монастырь в Алма-Ате с воссозданным Софийским собором, построено новое здание Епархиального управления. Всего за эти годы в Митрополичьем округе появилось 15 новых храмов. Под руководством Мефодия ведётся сбор данных об истории православной церкви в Казахстане, установлено празднование Собора новомучеников и исповедников Казахстанских. С 27 июля 2009 г. – член Межсоборного присутствия РПЦ. 5 марта 2010 г. назначен управляющим Пермской и Соликамской епархией. С 24 декабря того же года – ректор Пермской духовной семинарии, с 28 декабря 2011 г. – настоятель пермского Стефанова во имя Святой Троицы монастыря и Белогорского во имя свяителя Николая Чудотворца мужского монастыря. 19 марта 2014 г. назначен главой вновь образованной Пермской митрополии с титулом «митрополит Пермский и Кунгурский». С марта 2014 г. по октябрь 2016 г. был временным управляющим Соликамской епархией. Решением Синода от 13 апреля 2021 г. поручено временное управление Кудымкарской епархией. Мефодий награждён орденами Алексия Московского второй степени (2009 г.), преподобного Серафима Саровского первой степени (2010 г.), Иннокентия Московского второй степени (2014 г.), святого равноапостольного князя Владимира первой степени, святого благоверного князя Даниила Московского второй степени, святого князя Александра Невского (2016 г.); имеет государственные награды: медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» второй степени (1999 г.), орден Дружбы (2002 г.).