В начале 1919 г. Макариев Унженский монастырь был закрыт, жилые помещения отвели под квартиры и различные учреждения. Изгнанная из монастыря братия поселилась в городе Макарьеве, в окрестных деревнях и слободах. В начале 1919 г. по инициативе архимандрита Виссариона при монастыре была зарегистрирована религиозная община. 9 марта учредительное собрание, на котором присутствовало 2546 человек, образовало «Общину верующих христиан при Макарьевском монастыре». В совет общины было выбрано 55 человек, в правление – 12 человек. Председателем правления общины был избран М.П. Купреянов. В 1918 г. в городе Макарьеве было закрыто Макарьевское духовное училище. Его смотритель иеромонах Артемий (Лебедев; ум. после 1921 г.) вступил в общину монастыря. 17 января 1921 г. за проповедь, произнесённую в соборе и объявленную контрреволюционной, его арестовали и отправили в Москву. 16 февраля 1921 г. иеромонах Артемий был осуждён на три года заключения в концлагере, часть срока отбывал в Соловецком лагере особого назначения (СЛОН), дальнейшая его судьба исследователям неизвестна. В 1922 г. умер архимандрит Виссарион. Его преемником и последним настоятелем монастыря стал архимандрит Парфений (Архипов; 1863 г. – после 1929 г.), служивший с 1909 г. казначеем обители. В 1922 г. Макарьевская уездная комиссия по изъятию церковных ценностей вывезла из храмов монастыря большое количество серебряных изделий. В 1926 г. была закрыта надвратная Никольская церковь, в которой оборудовали «клуб физкультуры». После публикации 8 декабря 1928 г. в уездной газете «Крестьянский край» статьи «За монастырской стеной» началась массовая антимонастырская кампания. Во всех учреждениях города Макарьева и уезда были проведены собрания, принимавшие резолюции с требованиями закрыть обитель. 27 декабря того же года в Макарьеве состоялся расширенный пленум горсовета, на котором с докладом о необходимости закрытия монастыря выступил председатель уездного совета Союза воинствующих безбожников Н.П. Тимофеев. Депутаты и активисты поддержали докладчика и требовали «раскопать» мощи преподобного Макария. При голосовании 54 депутата высказались за закрытие монастыря, один воздержался и двое были против этого решения. Пленум горсовета постановил: «Расторгнуть договор с правлением монастырской общины, изъять церковные здания, и общину ликвидировать». Однако верующие обратились с жалобой во ВЦИК, и процесс закрытия был приостановлен. В конце марта 1929 г. XV Макарьевский уездный съезд Советов постановил закрыть Макариев Унженский монастырь, «основываясь на наличии множества фактов, которые характеризуют монастырь, как очаг разврата и источник антисоветского и антикультурного влияний». С начала 1929 г. раздавались призывы вскрыть мощи преподобного Макария. В начале декабря 1929 г. Макариев Унженский монастырь был окончательно закрыт. 12 декабря того же года при огромном стечении народа состоялось вскрытие мощей преподобного Макария. В газете «Северная правда» было напечатано сообщение, что «на глубине 1 метра в земле присутствующие на вскрытии нашли несколько костей и череп». После закрытия монастыря в Макариевской церкви был устроен склад овса, в Троицкой и Благовещенской церквах – зерносклады.