Однако после смерти Гавриила Шигарского придворные монастыри яковитов были разрушены, и Марута был вынужден переехать в Куфу, где поселился в монастыре Раббан-Шабур. Положение монофизитов на территории Персии вновь укрепилось лишь к 627–628 гг., когда войска византийского императора Ираклия I (610–641 гг.), участвовавшие в его большом Восточном походе против персов, оккупировали верховья реки Тигр вплоть до Тагрита, что открыло им дорогу ко всей персидской Месопотамии. Император Ираклий I стремился к консолидации всех противостоящих христологических групп (в том числе для более успешной борьбы с Персией), он также был инициатором диалога с сирийскими севирианами, целью которого должно было стать заключение унии между халкидонитами и монофизитами. В ходе дворцового переворота (24–25 февраля 628 г.), организованного полководцем Шахрбаразом, Хосров II Парвиз был свергнут и вскоре убит, а новым шаханшахом стал его старший сын Кавад II (Широе; 25 февраля – 15 сентября 628 г.). После заключения византийцами мирного договора с послами Кавада II (июнь 628 г.), который в 629 г. был подтверждён Шахрбаразом, патриарх Сирийской яковитской церкви Афанасий I Гаммала утвердил Маруту в должности своего наместника в Персии (мафриана). Активная деятельность Маруты в качестве мафриана проявилась в делах благотворительности, а также в основании новых монастырей, в частности, мужского монастыря Мар Саргиса и женского монастыря Бет-Эвре, посвящённого Пресвятой Богородице. Из литературного наследия Маруты сохранились его проповедь на освящение воды в день Богоявления, фрагменты библейских толкований в составе катен и письмо (вошло в «Хронику» Михаила Сирийца) к яковитскому патриарху Иоанну II (631–648 гг.), в котором он по просьбе патриарха рассказывает о преследованиях персидских монофизитов при Бар Сауме, митрополите Нисибинском (ум. в 492/495 г.). Приписываемая иногда Маруте проповедь на «Новое воскресенье» (Фомину неделю) в действительности принадлежит Майферкатскому (Мартиропольскому) епископу Маруте (см. Маруф). Маруте также атрибутируется текст анафоры, которая вошла в том числе в состав Миссала Маронитской католической церкви, изданного в Риме в 1592  1594 гг., однако данную атрибуцию исследователи считают сомнительной.