Около 996 – 998 гг. группа монахов воспротивилась игуменству Симеона, жаловалась на него патриарху Сисинию II (996–998 гг.), но Симеон вскоре изгнал их из монастыря. Из-за сложных отношений Симеона с церковными властями он был вынужден в 1009 г. покинуть монастырь святого Маманта. Симеон умер в основанном им монастыре святого Марина в Хрисополе близ Константинополя в 1022 г. (его мощи были перенесены в монастырь святого Маманта в 1053 г.). К середине XII в. монастырь вновь пришёл в упадок, т.к. раньше был передан в частное владение неким феодалам в качестве харистикия. В 1147 г. его взял под своё покровительство придворный мистик Георгий Каппадокиец, который ещё раз перестроил монастырь, получив финансовую поддержку от патриархов Космы II Аттика (1146–1147 гг.) и Николая IV Музалона (1147–1151 гг.). Соборный храм был вновь украшен золотом и иконами. Монастырь располагал теперь большими владениями, получил независимый статус с правами самоуправления общины; игуменом стал Афанасий, который прежде был экономом константинопольского монастыря Христа Филантропа. В конце жизни Георгий принял монашество в монастыре святого Маманта с именем Григорий. В 1158 г. игумен Афанасий составил «Типикон», который сохранился до настоящего времени. Община в то время состояла из 29 монахов, их подписи стоят под «Типиконом». Он включал 48 глав и, в основном, опирался на «Евергетидский Типикон» (вторая половина XI в.). В 1164 г. «Типикон» получил апробацию и был одобрен комиссией императорского секретаря Иоанна Дифера, состоявшей из настоятеля Студийского монастыря Феофилакта, студийских монахов и некоторых придворных. По мнению исследователей, монастырь святого Маманта считался связанным со Студием и в ряде вопросов подчинялся этой столичной обители. Император Исаак II Ангел (1185–1195 гг.) также проводил реконструкцию монастыря святого Маманта. В то время некий монах принёс в Константинополь из Каппадокии главу святого Маманта, и она была помещена в монастырь святого Маманта. В 1200 г. монастырь посетил русский паломник Антоний Новгородец, который упомянул, что в монастыря святого Маманта хранятся мощи святого Маманта. В период Латинской империи (1204–1261 гг.) монашеская жизнь в монастыре святого Маманта была, скорее всего, как полагают исследователи, прервана. В течение некоторого времени в монастыре святого Маманта жили монахи-доминиканцы. В XIV в. монастырь святого Маманта упоминается в источниках трижды. Когда в 1350 или 1351 г. император Иоанн Кантакузин начал планировать отречение от престола, он первоначально избрал для своего уединения монастырь святого Маманта, однако затем изменил своё решение. В 1353 г. Константинопольский патриарх Каллист I (1350–1353, 1355 – 1363/1364 гг.) из-за несогласия с возведением на императорский престол Матфея Кантакузина (1354–1357 гг.) был вынужден покинуть Константинополь (он удалился в монастырь святого Маманта, где провёл в изгнании четыре года). Монастырь святого Маманта в последний раз упоминается в византийских источниках в 1399 г., когда патриарх Матфей I рассматривал в суде тяжбу монастыря с неким землевладельцем Мануилом Раулем Палеологом (судебным решением независимость и привилегии монастыря святого Маманта были подтверждены). Сведений о дальнейшем существовании монастыря святого Маманта и времени его запустения у исследователей нет.