На Соборе православных епископов, который должен был собраться в Бресте, предлагалось устроить догматический диспут с представителями католиков и поднять вопрос о заключении церковной унии. Бернард Мацеёвский сыграл важную роль в распространении среди православных архиереев идеи унии, поддерживал тесные отношения с православным епископом Луцким и Острожским Кириллом (Терлецким). Важные решения об унии были приняты на встрече Бернарда Мацеёвского, епископа Кирилла (Терлецкого) и Владимиро-Волынского епископа Ипатия Потея в Торчине, имении Бернарда Мацеёвского под Луцком (2–4 декабря 1594 г.). Бернард Мацеёвский убедил православных епископов написать и скрепить подписями заявление о желании соединиться с Римской церковью. Бернардом Мацеёвским были даны заверения, что Киевская митрополия сохранит свои богослужебные церемонии и обряды; речь шла также о повышении престижа православного духовенства и предоставлении епископам места в сенате. Был поднят вопрос о передаче обширных владений Киево-Печерского монастыря Киевскому митрополиту, что способствовало бы его присоединению к сторонникам унии. 6 сентября 1596 г. король Сигизмунд III пригласил западнорусских епископов (сторонников унии) в Каменец-Литовский. Там перед епископами и Киевским митрополитом Михаилом (Рагозой) выступил Бернард Мацеёвский, затем западнорусские иерархи подписали текст исповедания веры, который был отправлен в Рим. На униатском Брестском соборе Бернард Мацеёвский выступал как личный посланник папы Римского Климента VIII (1592–1605 гг.). Позже папа Римский в послании «Quanta portio» подчеркнул особые заслуги Бернарда Мацеёвского в организации и проведении униатского Собора в Бресте. Однако в 1605 г., несмотря на противодействие Бернарда Мацеёвского, совместными усилиями православных и протестантов в инструкцию сеймика Краковского воеводства был внесён вопрос о положении православного населения. 1 июня 1597 г. король Сигизмунд III предложил кандидатуру Бернарда Мацеёвского на епископскую кафедру Вильно, вакантную к тому времени в течение шести лет (в 1591 г. занимавший её кардинал Ежи III Радзивилл стал епископом Краковским). 1 сентября 1597 г. папа Римский Климент VIII утвердил Бернарда Мацеёвского на Виленской кафедре. Однако этому назначению воспротивились каноники виленского кафедрального капитула. Согласно принятому в 1588 г. «Третьему Литовскому статуту», иностранцам (под ними понимались, главным образом, выходцы из Польши) запрещалось занимать важные должности в Великом княжестве Литовском: Бернард Мацеёвский был польским шляхтичем, тогда как почти все его предшественники на Виленской кафедре были выходцами из литовских или белорусских родов. Противником назначения Бернарда Мацеёвского был и кардинал Ежи Радзивилл.