В тексте широко использованы указанные публикации, во многих случаях – без необходимых отсылок. Вместе с тем Н.П. Малиновский видел свою работу не в повторении ранее сказанного в литературе, а в подведении итогов русского богословия второй половины XIX в., что и считал собственным вкладом в науку. Историк русской богословской науки профессор Николай Никанорович Глубоковский писал, что в сочинении Н.П. Малиновского «компилятивным способом удачно и старательно представлено компактное объединение русской научной литературы на протяжении всего догматического объёма». 15 августа 1902 г. Н.П. Малиновский был назначен ректором Каменец-Подольской духовной семинарии и возведён в сан протоиерея. В 1903 г. он опубликовал второй том своей догматики и представил первый и второй тома в Московскую духовную академию на соискание учёной степени магистра богословия, магистерский диспут состоялся 9 апреля 1904 г. Оппонентами на защите выступили профессор Александр Дмитриевич Беляев и профессор Александр Иванович Введенский. Из отзыва А.Д. Беляева и материалов диспута, опубликованных в «Богословском вестнике», исследователи видят степень зависимости Н.П. Малиновского от источников, которыми он пользовался. По мнению исследователей, отношение Н.П. Малиновского к источникам во многих случаях некритическое, по этой причине фактические ошибки и даже опечатки из сочинений других авторов оказались включёнными в сочинение Н.П. Малиновского. Отзыв А.И. Введенского был издан отдельной брошюрой «К вопросу о методологической реформе православной догматики» (1904 г.). А.И. Введенский упрекал Н.П. Малиновского в приверженности устаревшему методу изложения православного вероучения, который называет макариевским по имени митрополита Макария (Булгакова). Указав на новые запросы общества, А.И. Введенский, в частности, упоминал острые вопросы к церкви относительно вероучения, поднимавшиеся на Санкт-Петербургских религиозно-философских собраниях. Сам А.И. Введенский ратовал за «генетический» метод раскрытия догматов, впервые предложенный, хотя и не вполне последовательно, в «Опыте православного догматического богословия с историческим изложением догматов» (Киев, 1878–1891 гг.) епископа Сильвестра (Малеванского). В целом труд Н.П. Малиновского был признан полезным, а автор удостоен степени магистра богословия. В 1904–1905 гг. Н.П. Малиновский опубликовал «Очерк православного догматического богословия» в двух томах. Уже в первом издании двухтомник был одобрен Учебным комитетом при Синоде в качестве учебника для семинарий и заменил собой «малую догматику» митрополита Макария (Булгакова), т.е. его «Руководство к изучению христианского, православно-догматического богословия» (СПб., 1869 г.), который оставался основным пособием по догматике на протяжении нескольких десятилетий.