В январе 1859 г. вышла его статья, ставшая основой сборника 1866 г. «Суеверие и насилие» («Superstition and Force»), в котором анализировались методы средневекового судебного процесса: ордалии, дуэли и пытки. Осознавая важность церкви как величайшего из учреждений Средних веков, Генри Ли в 1867 г. опубликовал «Исторический очерк о безбрачии духовенства» («An Historical Sketch of Sacerdotal Celibacy»), а в 1869 г. – сборник «Исследования по истории церкви» («Studies in Church History»). Одновременно с этим Генри Ли реагировал на события в современном ему католицизме: обнародование энциклики «Quantra cura» в 1864 г. и последовавшей за ней полемике, первый Ватиканский Собор 1869 г. и провозглашение доктрины о непогрешимости папы Римского. В 1868 г. Генри Ли принимает решение написать историю инквизиции (значительное состояние позволило ему собрать необходимую для работы библиотеку). В 1888 г. вышла трёхтомная «История инквизиции в Средние века» («A History of the Inquisition of the Middle Ages»), а затем ряд других работ по истории инквизиции. Незадолго до смерти Генри Ли увлёкся историей колдовства. Собранные им по этой теме материалы были опубликованы в 1939 г. В 1899 г., в связи с делом Дрейфуса, переработанное издание его истории инквизиции было издано во Франции, что принесло автору широкую известность в Европе. Тогда же Генри Ли включился в широкую антиклерикальную кампанию, опубликовав статьи о Лео Таксиле и придуманной им дьяволопоклоннице Диане Воган. Благодаря публицистике Генри Ли получил почётные степени ряда университетов США и Европы, был членом многих учёных обществ, в том числе Императорского Московского университета. C началом Гражданской войны (1861–1865 гг.) Генри Ли принял активное участи в общественной жизни США, стал одним из первых членов Объединённой лиги – организации, пропагандировавшей верность Союзу. В её поддержку написал множество памфлетов. Генри Ли работал в военном, финансовом и исполнительном комитетах. Как один из «Bounty Commissioners» после принятия «Акта о вербовке» занимался вербовкой в армию цветного населения, набрал несколько полков. Во время войны и некоторое время после неё Генри Ли был пламенным сторонником республиканской партии, однако затем начал выступать против партийной коррупции и вышел из Объединённой лиги, т.к. она препятствовала проведению реформ. Генри Ли поддерживал реформу гражданской службы финансово и как публицист. Всю свою жизнь он интересовался делами городского управления Филадельфии, основал программу общественной гигиены при Пенсильванском университете.