12 августа они получили аудиенцию у митрополита Филарета (Дроздова), в ходе которой Генри Лиддон рассказал об устройстве англиканской церкви, в частности, о её отношении к непорочному зачатию Девы Марии. В апреле 1870 г. Генри Лиддон получил должность каноника лондонского собора святого Павла, которую сохранял до конца жизни. С июня того же года до 1882 г. занимал кафедру профессора экзегетики Священного Писания в Оксфордском университете и в 1864–1875 гг. входил в состав совета университета (Hebdomadal Council). Его выступления и проповеди, как и раньше, пользовались огромной популярностью, их многократно издавали и переиздавали. Генри Лиддон, пользовавшийся таким образом значительным авторитетом в Церкви Англии, вместе с деканом и другими канониками собора святого Павла пытался упрочить влияние Оксфордского движения и выступал за расширение прав англо-католического меньшинства. В 1870 гг. Генри Лиддон участвовал в нескольких церковных дискуссиях. Так, в 1871 г. выступил против предложений об исключении Афанасиева Символа веры из Книги общих молитв и критиковал политику архиепископа Арчибальда Тейта по отношению к англо-католикам вплоть до того, что грозил оставить службу в Церкви Англии. В 1873 г. стал одним из авторов подписанной несколькими священниками декларации против установления обязательной частной исповеди. В 1874 г. Генри Лиддон критиковал предложенный правительством Бенджамина Дизраэли «Акт о регулировании публичных молитв» («Public Worship Regulation Act»), запрещавший любые изменения официально утверждённой службы, что, впрочем, не повлияло на принятие этого акта парламентом. В том же и следующем годах в Бонне участвовал в конференции, посвящённой возможностям объединения католиков и протестантов, и в обсуждении принятого первым Ватиканским Собором в 1870 г. догмата о папской непогрешимости (в Англии значительный интерес к этим вопросам проявлял, в частности, известный политик Уильям Юарт Гладстон). Кроме того, Генри Лиддон критиковал поддержку Великобританией турецкого правительства, в том числе в проповедях и газетных публикациях 1876 г., весьма негативно воспринятых Министерством иностранных дел, а также неоднократно открыто выражал поддержку действиям России во время Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. В 1886 г. Генри Лиддон вместе с сестрой совершил длительную поездку по Палестине и Египту, встречался с Иерусалимским патриархом и пытался убедить православных иерархов поддержать выступления против учреждённого в 1841 г. протестантского (англо-немецкого) Иерусалимского епископства, которое англо-католики считали недопустимой формой объединения двух протестантских церквей (с 1887 г. – англиканское Иерусалимское епископство). Генри Лиддон критически воспринял публикацию в 1889 г. группой богословов младшего поколения, «либеральных англо-католиков», сборник «Lux Mundi», однако подробно ответить им так и не успел. В последние годы жизни Генри Лиддон неоднократно получал предложения занять высокие церковные должности. Так, в 1885 г. премьер-министр Уильям Юарт Гладстон предлагал ему возглавить одну из трёх вакантных епископских кафедр. В следующем году его прочили на должность декана вустерского собора, во время путешествия в Палестину его заочно избрали епископом Эдинбургским. Несмотря на то, что Генри Лиддон неизменно отказывался от этих предложений, в 1870–1880 гг. его считали одной из наиболее влиятельных фигур в Церкви Англии, лидером (наряду с Эдвардом Бувери Пьюзи, учеником и последователем которого он считал себя всю жизнь) Оксфордского движения и идеологом англо-католицизма.