В августе 1897 г. Лаврентий постриг в монашество будущего архиепископа Тверского Фаддея (Успенского). Очень консервативный, привыкший к работе в военно-учебном заведении Лаврентий, как считалось, «был послан в академию», чтобы «искоренить в ней тот зловредный дух, который будто бы насадил популярнейший и любимейший» его предшественник ректор архимандрит Антоний (Храповицкий). По свидетельству выпускника академии, Лаврентий был встречен «оппозиционно» и враждебно как профессорской корпорацией, так и студентами; однако впоследствии некоторые из них «успели его оценить», называли «папашей» и «дедушкой». В сентябре 1895 г. попытки Лаврентия внести некоторые изменения в повседневный административный уклад Московской духовной академии вызвали возмущение студентов. В академию был направлен ревизор Пётр Иванович Нечаев (указ Святейшего Синода от 5 сентября 1895 г.). В августе 1896 г. в Синод поступил его отчёт с объяснениями бывшего ректора Московской духовной академии архимандрита Антония (Храповицкого). Замечания М.И. Нечаева относились, в основном, к воспитательной и хозяйственной частям: оскорбления студентами жандарма, привратника и пререкания с начальством лавры; попытка самоубийства студента Самойлова с предшествовавшими этому «безнравственными действиями» и отсутствие наказания со стороны академического начальства; непосещение студентами богослужений в академическом храме и прочие проступки. Ревизор видел причины этих недостатков в слабости администрации. 5 сентября 1896 г. последовал указ Синода с перечнем недостатков и нарушений и предложением ректору и Совету академии принять меры к их устранению. 27 сентября в Совет академии поступило заявление от профессоров Московской духовной академии с объяснениями и возражениями против замечаний М.И. Нечаева, которое после обсуждения митрополит Сергий (Ляпидевский) представил в Синод. В объяснениях отмечалось, что «исполнение религиозных обязанностей в студентах не может быть поддерживаемо одними строго дисциплинарными методами, равно как и исправное хождение в классы». В этом был намёк на меры, принимаемые Лаврентием при поддержке митрополита Сергия (Ляпидевского). Члены Совета Московской духовной академии вспоминали с благодарностью былые дни, когда академия «жила единым духом», когда руководство было не «формально-дисциплинарным, а пастырско-одухотворённым» (Российский государственный исторический архив). Иеромонах Арсений (Стадницкий), сменивший Лаврентия на посту ректора, отмечал «добрые личные качества» предшественника, но считал, что тот «слишком явным неимением административного такта натягивает крепко струны, а затем, когда они лопаются, сваливает вину на других». Иеромонах Арсений (Стадницкий) упоминал о прокламациях с угрозами в отношении Лаврентия, распространявшихся в академии, а также о том, что при отъезде ректора из академии студенты проявляли к нему «просто какую-то даже неприличную ненависть».