27 января 1941 г. Иаков Медвецкий скончался, 30 января папский нунций в Берлине согласовал с немецкими властями кандидатуру Александра Малиновского в качестве главы Апостольской администрации Лемковщины. 5 февраля 1941 г. апостольская столица назначила Александра Малиновского администратором Лемковщины. В Апостольской администрации Лемковщины к тому времени было 142 священника и около сотни тысяч верных. В марте 1941 г. епископ Лакота писал немецким властям, что Ватикан собирается упразднить Апостольскую администрацию Лемковщины и создать единую епархию для всего Генерал-губернаторства. В то же время Украинский центральный комитет требовал учредить два новых епископства: в Белзе и Саноке; в Саноке в целях украинизации Лемковщины предлагалось открыть украинскую духовную семинарию. Реализации всех этих проектов помешало начало 22 июня 1941 г. Великой Отечественной войны. Летом 1941 г. воссоединились все приходы Апостольской администрации Лемковщины, в июле в пределах администрации насчитывалось 204 храма, в том числе 122 приходских, 72 «филиальных» (приписных) и десять часовен. Возобновилась связь Апостольской администрации Лемковщины с Галицкой униатской митрополией, эта связь стала более тесной, чем в польский период. Глава администрации с 1941 г. постоянно направлял отчёты о своей деятельности Андрею (Шептицкому), согласовывал с ним все решения. Александр Малиновский проводил форсированную украинизацию, запрещал духовенству использовать этнонимы «русин» и «русак». При нём вместо католического приветствия «Слава Иисусу Христу» в храмах Лемковщины было введено оуновское партийное приветствие «Слава Украине». На территории Апостольской администрации Лемковщины с 1940 г. имели место нападения польских военизированных отрядов на тех лемковских клириков, которые были связаны с украинскими организациями. Так, в апреле 1940 г. польские партизаны убили настоятеля церкви в селе Шкляры Санокского повета Ярослава Щирбу. В дальнейшем имели место многочисленные убийства униатских священнослужителей представителями польского антифашистского подполья. В июле-августе 1941 г. немецкая администрация арестовала всех клириков Лемковщины и Перемышльщины, которые подозревались в «москвофильстве» или «старорусской ориентации». В числе первых были схвачены бывший канцлер и референт Апостольской администрации Лемковщины священник Иоанн Полянский, бывший узник Талергофа священник Евгений Хиляк и член капитула Владимир Мохнацкий, которые считались наиболее активными деятелями «русинского лагеря». Позже арестам подверглись ещё десять священников. Все они с 1941 г. до осени 1944 г. содержались в лагере в Кельце. 28 июля 1944 г. в связи с приближением линии фронта администратор Александр Малиновский перенёс центр Апостольской администрации Лемковщины в село Крыница, ставшее к тому времени крупным центром проукраинского движения среди лемков. Тогда же Александр Малиновский на случай своего ареста учредил в Апостольской администрации Лемковщины должности трёх генеральных викариев, которые заняли священники Стефан Ядловский (первый помощник администратора), Иоанн Подгорбий и Андрей Злупко.