В XI–XIII вв. сложился архитектурный ансамбль, в который входили основной комплекс монастыря и расположенная поблизости от него на берегу моря укреплённая башня. Согласно описанию Барралиса, основной комплекс состоял из двух церквей, клуатра, зала капитула, рефектория и дормитория. Главный монастырский храм святого Гонората (не сохранился), был возведён, по мнению исследователей, после нападения сарацин в 1046/1047 г. и освящён 4 октября 1088 г. Это была трёхнефная одноапсидная романская церковь; боковые нефы были сужены, а стены, прорезанные небольшими окнами, почти лишены декора; к северной стене примыкали капеллы. К северу находилась церковь Пресвятой Девы Марии – скромный однонефный храм с апсидой (по мнению исследователей, освящена в 1159 г.; в XIX в. перестроена в жилой корпус). Храмы соединялись так называемой галереей мёртвых, перекрытой цилиндрическим сводом, которая, скорее всего, как полагают исследователи, служила усыпальницей. С юга к церкви святого Гонората примыкал прямоугольный клуатр, сооружённый в XI в. и полностью перестроенный на рубеже XII и XIII вв. Галереи клуатра были оформлены как замкнутые помещения, перекрытые простыми цилиндрическими сводами и отделённые от двора глухими стенами с широкими оконными и дверными проёмами. С восточной стороны клуатра находится зал капитула, с южной – рефекторий; оба помещения перекрыты массивными сводами на нервюрах. Башня-донжон, которая в позднее Средневековье стала основной резиденцией монахов, имеет сложную историю строительства. По сведениям Барралиса, укрепление было заложено при аббате Альдеберте II (1088–1103 гг.). В грамоте папы Гонория II (1124–1130 гг.) упоминается о возведении крепости для защиты от сарацин; понтифик призвал христиан помогать монахам, находившимся в опасности. Высказывалось мнение о подложности грамоты, но, по мнению исследователей, текст лишь подвергся интерполяции. Концом XI – XII вв. исследователи датируют строительство донжона высотой не меньше 15 м, который составил основу укрепления. По мнению исследователей, в конце XII в. к башне была сделана пристройка (об этом упоминается в грамоте папы Римского Луция III (1181–1185 гг.) 1184 г.), на втором этаже которой с 1392 г. находилась капелла Святого Креста. После взятия башни генуэзскими пиратами (1400 г.) укрепление подверглось существенной перестройке: здание было расширено, в нём устроили двухъярусный клуатр со стрельчатыми арками, в нижнем ярусе – цистерны. Работы были завершены в 1468 г. По свидетельству Барралиса, в крепости было 36 монашеских келий, пять помещений для слуг, четыре капеллы, трапезная с кухней, ризница, архив, библиотека, две цистерны и т.д. Особое значение приобрела капелла Святого Креста, которая именовалась «Святая святых», т.к. в ней хранились главные святыни монастыря. В XVIII в. основной комплекс монастырских зданий почти не использовался; монахи жили и совершали богослужения в крепости. После закрытия аббатства постройки были заброшены и разрушались. Поселившиеся на острове цистерцианцы возвели новые здания, превосходившие по масштабу средневековые постройки, среди которых доминирует неороманская церковь Пресвятой Девы Марии (1874–1878 гг.). Клуатр, рефекторий, зал капитула и некоторые другие помещения были отреставрированы.