На основе решений этих Соборов 28 августа 1621 г. Корнилия получил царскую указную грамоту о высылке в Москву келейной «рухляди» бывшего архиепископа Нектария. Задачей Корнилия как епархиального архиерея были оценка и «восстановление» имущества кафедры после неурядиц Смутного времени. У исследователей есть сведения об описании по его приказу владычным сыном боярским Антипой Раковским в 1621 г. вотчинного архива Спасо-Рабангского монастыря. 20 июля 1620 г. Корнилий получил от царя и патриарха жалованную грамоту на Никольскую Мокрую пустынь на реке Сухоне и деревню Поддубное с пустошами. Этому решению предшествовала челобитная Корнилия, в которой он указывал, что этот монастырь со всеми землями и владениями из-за его «оскудения» был пожалован Вологодской епархии ещё при архиепископе Макарии (1617–1619 гг.). В челобитной Корнилия и в расспросных речах по делу говорится, что монастырь «стоит пуст, разорен от польских и от литовских людей и от русских воров, а церкви стоят без пения, братьи и служебников нет», деревни стали пустошами, которыми никто не владеет, а запустели те земли «лет с пять и больши» («Акты исторические», том 3). Жалованная грамота передавала во владение кафедры пустынь со всем церковным строением, две пустоши, бывшие ранее деревнями (Поддубное и Чернецкое), пустошь Каменная Веретья, а также угодья, сенные покосы, лес и рыбные ловли. О тяжёлом наследии Смутного времени для епархии, когда оказались разорёнными до основания многие монастыри и храмы, свидетельствует и грамота царя и патриарха вологодскому воеводе Василию Матвеевичу Бутурлину от 19 декабря 1620 г. Ключевой проблемой для Корнилия в этот период стало то, что «в… монастырских вотчинах и в боярских поместьях у попов и у мирских людей чинятца безчиния многие, а ему де богомольцу нашему под суд и к сыску не даютца». Грамота предписывает царским воеводам, дьякам и всяким приказным людям «в духовные дела не вступатись и духовных дел не судити…, а ведать их во всех духовных делах и от безчинства унимать богомольцу нашему вологодскому архиепискупу». Грамота обязывает Корнилия наладить управление в епархии так, чтобы дань церковная платилась, церкви ремонтировались, а прихожане прибывали. Восстановление порядка в епархии продолжалось и в последующие годы: 29 сентября 1622 г. Корнили получил общую жалованную тарханно-несудимую трёхсрочную и проезжую («уставную») грамоту от царя и патриарха; 29 сентября 1623 г. была выдана царская жалованная грамота крестьянам архиерейских вотчин, сведения о которой сохранились только по упоминаниям («Акты исторические», том 3). Незадолго перед смертью, 15 марта 1625 г., Корнилий составил духовную грамоту, её текст и местонахождение исследователям не известны. Упоминание о ней относится к 1865 г., когда Николай Иванович Суворов, публикуя работу 1811 г. митрополита Евгения (Болховитинова) о вологодских иерархах, отметил, что она «находится при делах казначейских». Погребен Корнилий в вологодском Софийском соборе.