В 1844 г. был заложен новый кафоликон (монастырский собор). Однако монастырь не достиг прежнего процветания, его братия оставалась немногочисленной. В 1931 г. земельные владения Кали-Панагии были переданы государством греческим беженцам из Малой Азии. После 1932 г. оставшимся без насельников монастырём управляли миряне (главным образом, из семьи Котуласов). В 1947 г. монастырский комплекс был передан швейцарской благотворительной организации для устройства приюта «Кали-Панагия» для сирот и детей из бедных семей. В 1950 г. приют перешёл в ведение Королевского учреждения социального обеспечения, были открыты начальная и техническая школы. В 1986 г. приют был закрыт. В 1995 г. по инициативе митрополита Пантелеимона (Калпакидиса) в Кали-Панагии был учреждён мужской киновиальный монастырь. Отреставрированы кафоликон (трёхнефная базилика с хорами в западной части храма), построены кельи, архондарик, трапезная, поварня и хозяйственные помещения. К северу от кафоликона возведено многоэтажное здание с залом заседаний, музеем, иконописной и швейной мастерскими; на верхнем этаже устроен парекклисион равноапостольного Космы Этолийского. Здания приюта были приспособлены для проживания паломников и размещения детских лагерей. В 2000 г. архиепископ Афинский Христодул освятил монастырский комплекс. Кафоликон был расписан заново Т. Богданосом, только в алтарной части сохранились фрагменты фресок, выполненных в середине XIX в. Иконы иконостаса выполнены монахом Арсением Святогорцем из келлии Белозёрка Хиландарского монастыря. В обители особо чтятся иконы Божьей Матери «Довра» и мироточивая «Казанская» (XVIII и XIX вв.). В 2005 г. из Симферополя в Кали-Панагию была перенесена частица мощей Луки (Войно-Ясенецкого), и вскоре после этого началось строительство большого храма во имя этого святого к югу от монастыря. В Кали-Панагии открыты миссионерский центр и школа церковных искусств, летом работает детский лагерь, в том числе для детей из Польши, Румынии и Албании. Престольным праздником помимо Успения Пресвятой Богородицы (15 августа) является празднование в пятницу на Светлой седмице иконы Божьей Матери «Живоносный Источник», поскольку в монастыре есть чудотворный источник. В настоящее время в монастыре подвизаются 34 монаха, игумен – Пантелеимон (Корфиотакис). В Кали-Панагии находится резиденция митрополита Пантелеимона Веррийского.