К этому времени исследователи относят договор Новгорода с Тверским великим князем Михаилом Ярославичем, который выступил как союзник Новгорода и князя Даниила против великого князя Андрея. Тверской экземпляр договора составлен в виде обращения князя Михаила Ярославича к «отьцю ко владыце», т.е., как полагают исследователи, к Клименту, с сообщением о достигнутых договорённостях («Грамоты Великого Новгорода и Пскова»). По этому договору Михаил Ярославич должен был выступить в помощь Новгороду в случае «тяготы» не только от Андрея, но и от «татарина» (великий князь Андрей нередко приводил на Русь ордынские рати). В 1298–1299 гг., накануне кончины Климента, Андрей Александрович вновь занял новгородский стол, отправив туда наместником своего сына Бориса. В 1287 г., во время вооружённого выступления новгородцев против посадника Семёна Михайловича, тот «прибежа к владыце, и владыка провади в святую Софею (укрыл его в соборе Святой Софии); и тако ублюде Бог, и заутра снидошася в любовь» («Первая Новгородская летопись»). В 1291 г., во время Великого поста, на владычном дворе после заутрени был убит боярин (?) Самуил Ратшинич, что спровоцировало новые волнения. Новгородцы, собравшись в доспехах у собора Святой Софии (на Софийской стороне) и у Николо-Дворищенского собора (на Торговой стороне), напали на Прусскую ул., разграбили дома и сожгли церковь во имя Пресвятой Богородицы (исследователи полагают, что это стало следствием обвинения влиятельных бояр-«прушан» Загородского конца в убийстве Самуила Ратшинича). На этот раз Климент, как полагают исследователи, не смог предотвратить насилие. В 1292 г. Климент заложил церковь во имя Николая Чудотворца (на Липне) – первый каменный храм, построенный в Новгороде после монгольского нашествия на Русь. Вскоре после смерти Климента на юго-восточном столбе храма была сделана надпись-граффити с сообщением об этом событии и точной датой (22 мая). 18 октября 1294 г. Климент освятил церковь во имя великомученика Феодора Стратилата на Софийской стороне, заложенную в 1292 г., после обрушения прежней. В 1296 г. Климент «постави» церковь Воскресения на воротах Детинца. «Стяжаниемь» (т.е. на средства) Климента и «повелениемь» князя Димитрия Александровича в 1280–1291 гг. (точная датировка является предметом дискуссии) в Новгороде была создана Синодальная (Климентовская) «Кормчая» русской редакции, ставшая официальным сводом канонического права для Новгородской кафедры (Исторический музей). В отличие от канонических сборников, бытовавших в Южной и Северо-Восточной Руси, в данную редакцию «Кормчей» вошли помимо церковных канонов «Русская Правда» (в пространной редакции) – свод русского светского (княжеского) законодательства XII–XIII вв., а также русские канонические памятники XII–XIII вв., причём для многих памятников Синодальная «Кормчая» является старшим списком. По мнению Ярослава Николаевича Щапова, это было обусловлено тем, что к концу XIII в. «сфера юрисдикции Новгородского владыки расширилась очень значительно, и в неё вошли не только традиционно принадлежавшие Церкви внутренне-административные и судебные функции, но и внешнеполитические дела, отношения с другими русскими землями, а также большая сфера суда по гражданским делам, прежде никогда не принадлежавшая Церкви».