Свидетельством контроля Корнилия за поведением духовенства в крае стало дело строителя Далматовского в честь Успения Пресвятой Богородицы мужского монастыря Никона 1674–1676 гг., обвинённого крестьянами и вкладчиками в злоупотреблениях и растратах. В ходе разбирательства, производившегося в Тобольске, новым игуменом монастыря был назначен Афанасий (Любимов), впоследствии архиепископ Холмогорский и Важский (1682–1702 гг.). Приняв постриг в Далматовом монастыре, он, по мнению Василия Максимовича Верюжского, был в 1666 г. взят Корнилием в архиерейский дом, где провёл восемь лет и был крестовым иеродиаконом Корнилия, а потом ризничим. В 1668 г. Афанасий (Любимов) сопровождал Корнилия в Москву. В 1674 г. он покинул архиерейский дом, вернувшись в Далматов монастырь, оказался вовлечённым в расследование; некоторое время был игуменом монастыря, помогая Корнилию в наблюдении за благочинием духовенства. Корнилий продолжал политику христианизации края, начатую его предшественниками. В период его архиерейства было основано несколько монастырей: Вознесенский мужской монастырь (сохранились две грамоты Корнилия об основании Вознесенского монастыря «ниже Иркутского острогу на краю Ангары реки» от 2 декабря 1672 г. и от 8 декабря 1672 г.), Знаменский женский монастырь в Иркутске (1693 г.), два монастыря на Амуре («на брусяном камне и на реке Кумаре»), построены церкви в Маленском, Усть-Миасском, Красногорском острогах, Бешкильской, Терсютской, Ингалинской слободах, в селе Воскресенском. В 1669 г. по грамоте Корнилия была восстановлена церковь в Служней слободе близ Далматовского монастыря, пострадавшая в ходе недавнего бунта башкир. С деятельностью Корнилия исследователи связывают редактирование двух крупных литературных памятников Сибири. С 1630 гг. фиксировались чудеса от иконы Божьей Материв Абалацком погосте под Тобольском. Большинство исследователей согласны, что первые варианты Сказания об иконе были созданы в 1630–1640 гг. В дальнейшем Сказание дополнялось новыми чудесами, в том числе и связанными с именем Корнилия. В частности, после прибытия Корнилия на кафедру в 1665 г. в Тобольске шёл «зельный и бесчисленный дождь», прекратившийся лишь после перенесения иконы в кафедральный собор и проведения молебна перед образом. В память об этом событии был установлен обычай ежегодного принесения образа в Тобольск с 8 по 23 июля. Сам Корнилий получил по молитве у чудотворной иконы исцеление от болезни. По мнению Елены Константиновны Ромодановской, позднейшие чудеса 1672–1675 гг. были добавлены в Сказание лично Корнилием или по его поручению. Исследователи также согласны, что Корнилий принимал непосредственное участие в создании «Книги записной» – наиболее ранней редакции Сибирского летописного свода. В мае 1670 г. по благословению Корнилия произошло перенесение мощей праведного Василия Мангазейского. Мощи, от которых происходили многочисленные чудеса, были перевезены из Мангазеи в Туруханский монастырь строителем последнего Тихоном. Корнилий оставил вклады в ризницу тобольского Софийского собора, в частности, напрестольное печатное Евангелие 1615/1616 г. и три напрестольных серебряных креста с золочением. Корнилий умер 23 декабря 1677 г. «нощи в 8-м часу» в тобольском в честь иконы Божьей Матери «Знамение» мужском монастыре, приняв схиму («Полное собрание русских летописей», том 36). Известие о смерти Сибирского митрополита поступило в Москву лишь 30 января 1678 г. от боярина и воеводы Петра Васильевича Шереметева Меньшого. Корнилий был похоронен в Сергиевской церкви Тобольска, близ архиерейского дома (впоследствии прах перенесли в тобольский Софийский собор).