Согласно статистике МВД Эстонии, 7/8 православного населения страны относило себя к Эстонской православной церкви Московского патриархата, однако Эстонской Апостольской православной церкви Константинопольского патриархата удалось присвоить себе 2/3 из числа действовавших приходов. Занятые Эстонской Апостольской православной церковью храмы часто стояли полупустыми, тогда как общины Московского патриархата не имели пристанища. Это обстоятельство побудило Эстонскую православную церковь с конца 1990 гг., несмотря на тяжёлое экономическое положение, приступить к активному храмостроительству. Прихожане Исидоровского храма в городе Валга, настоятель которого перешёл в Константинопольскую юрисдикцию, приобрели на собранные деньги здание бывшего клуба железнодорожников и перестроили его в храм в честь Владимирской иконы Божьей Матери. В городе Палдиски при схожей ситуации община Эстонской православной церкви Московского патриархата обустроила в бывшем здании городского музея храм во имя великомученика Пантелеимона. В городе Локса под храм во имя Иоанна Кронштадтского был приспособлен бывший детский сад, при нём организован реабилитационный центр для помощи наркозависимым. Построены новые храмы: архангела Михаила в городе Маарду, в честь Казанской иконы Божьей Матери в городе Силламяэ, в честь Нарвской иконы Божьей Матери в городе Нарва, в честь блаженной Ксении Петербургской в посёлке Азери Ида-Вируского уезда. Строится церковь во имя равноапостольных Кирилла и Мефодия в Нарве. В ноябре 2012 г. Корнилием и мэром Таллинна Эдгаром Сависааром были подписаны документы о передаче в собственность прихода Эстонской православной церкви Московского патриархата ранее находившихся в его пользовании церковь в честь святителя Николая в микрорайоне Копли, часовни на ул. Херне и прихрамовых помещений на ул. Каэвури. В 2002 г. Корнилий благословил строительство храма в таллиннском районе Ласнамяэ, населённом преимущественно русскоязычными жителями. Во время визита в Эстонию патриарх Алексий II (Ридигер) в сентябре 2003 г. освятил закладной камень храма в честь иконы Божьей Матери «Скоропослушница». Строительство храма началось 22 ноября 2006 г., в день празднования иконы. К 2009 г. было завершено благоустройство площади перед строящимся храмом, которая была названа в честь патриарха Алексия II (Ридигера). 8 сентября 2012 г. Корнилий освятил памятник патриарху Алексию, сооружённый на этой площади. 16 июня 2013 г., во время визита в Эстонию, Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев) торжественно освятил храм в честь иконы Божьей Матери «Скоропослушница» в Ласнамяэ. Главной святыней храма является чудотворная икона Божьей Матери «Скоропослушница», сохранённая Корнилием после закрытия в 1959 г. и разрушения таллиннского подворья Пюхтицкого монастыря. В Эстонской православной церкви развивается издательская деятельность. С 1998 г. стала выходить, первоначально как приложение к газете «Русский Телеграф», газета «Мир Православия».