Богословские диспуты между контрремонстрантами и ремонстрантами не утихали, и Генеральные штаты в 1614 г. издали запрет на проведение подобных собраний как дестабилизирующих положение в стране. Вскоре борьба двух течений в нидерландской кальвинистской церкви тесно переплелась с борьбой двух ветвей власти – статхаудера принца Морица Нассауского и лидера голландской купеческой олигархии великого пенсионария Йохана ван Олденбарневелта. В период Двенадцатилетнего перемирия 1609–1621 гг. ремонстранты усилили свои позиции. Поддерживаемые важными государственными деятелями (Й. ван Олденбарневелт, пенсионарий Роттердама и правовед Гуго Гроций) и главами магистратов многих городов они фактически отражали интересы республиканских элементов нидерландского общества и заинтересованной в сохранении своего политического господства в Соединённых провинциях правящей купеческой верхушки провинции Голландии, выступавшей против усиления власти статхаудера и его унитарной политики. Сторону контрремонстрантов, за которыми в общественно-политическом плане шли представители национальной промышленной и мелкой буржуазии и городских низов, принял статхаудер Мориц Нассауский. Он не только стремился не допустить в стране веротерпимости, опасаясь политического перевеса католического большинства, но и желал ослабления Генеральных штатов. В борьбе со своими политическими противниками Мориц Нассауский предпринял попытку государственного переворота, изгнал ремонстрантов из городских советов, а Й. ван Олденбарневелт и его соратники в августе 1618 г. были арестованы. Под давлением статхаудера в городе Дордрехте был созван экуменический синод Реформатский церкви (Дордрехтский синод, 13 ноября 1618 г. – 9 мая 1619 г.), осудивший религиозную доктрину арминианства как ересь. Ремонстранты были объявлены недостойными духовных и академических кафедр, многие их проповедники, получив запрет на деятельность, были вынуждены покинуть страну. Лидеру ремонстрантов богослову Йоханнесу Уитенбогарту (1557–1644 гг.) ещё в 1618 г. удалось скрыться от ареста. 12 мая 1619 г. завершил работу и суд над арестованными членами правительства (Й. ван Олденбарневелт был казнён по обвинению в государственной измене, Г. Гроций осуждён на пожизненное заключение). Контрремонстранты недолго наслаждались победой. Уже с началом в 1625 г. стадхаудерства принца Фредерика Хендрика ремонстранты стали возвращаться в Соединённые провинции, им было позволено иметь церковные здания и теологическую семинарию в Амстердаме.