Со времени правления короля Мануэля I все короли Португалии носили титул «Защитников» университета, которые могли назначать преподавателей и издавать уставы. Башня Университета Коимбры, высотой 33,5 м, является традиционной эмблемой Коимбры. Строительство началось в 1728 г. и было завершено в 1733 г. В верхней части часов открывается смотровая площадка, с которой можно наслаждаться великолепной панорамой города и долины Мондего. В этой башне находится, среди прочих колоколов, знаменитая «коза», которая отмечала часы пробуждения и сбора студентов. В царствование Жозе I университет претерпел глубокие изменения, стало уделяться больше внимания естественным наукам и точным наукам. В 1836 г. канонический и юридический факультеты объединились в юридический факультет, который внёс значительный вклад в создание нового либерального правового аппарата. В 1911 г. университет получил новые положения о создании определённой административной и финансовой автономии, а также создал систему стипендий для увеличения числа студентов в высших учебных заведениях. Также был создан факультет букв, который унаследовал возможности ныне несуществующего богословского факультета, а факультет математики и философии (созданный в результате Помбалинской Реформации) был преобразован в факультет наук. 10 августа 1940 г. он получил Большой Крест Военного ордена Сант-Яго-да-Эспада. Но самое большое изменение в недавней истории университета происходит с 1942 г., когда большая часть жилого района Альта-де-Коимбра была снесена, чтобы освободить место для монументального комплекса современного университета, до сих пор размещавшегося в бывшем королевском дворце. Эта важная работа архитекторов Коттинелли Тельмо и Луиса Кристино да Силвы была завершена в 1969 г. С 25 апреля 1974 г. начинается новый период португальской и университетской жизни, который претерпел несколько реформ, сопровождающих новую динамичную политику. В 1989 г. были опубликованы законы, которые в настоящее время ещё в силе. За более чем семидесятилетний период существования Университета, который в настоящее время является эталонным институтом, вырос (сначала по всей Альта-де-Коимбра, а затем по всему городу) и в настоящее время связан с развитием науки и техники и распространению португальской культуры в мире. Продолжая сохранять репутацию в течение всего времени, качество преподавания в Университете Коимбры, как правило, не вызывает сомнений при сравнении с мировыми заведениями высшего образования. Например, что касается, юридического факультета, исследователи дают отчёт о внешней оценке португальских юридических факультетов, где юридический факультет занимает первое место с точки зрения преподавания права, опережая остальные колледжи в стране. Все восемь колледжей имеют курсы и отделы, которые, как правило, считаются лучшими на национальном уровне, а в некоторых случаях на международном уровне. В издании Шанхайского рейтинга 2017 г. это учреждение являлось четвёртым по рейтингу португальским университетом после Лиссабонского университета, Университета Порту и Университета Авейру.