После изменения вектора вероисповедной политики России важные перемены происходят и в системе народного образования: вводятся новые Правила о начальных училищах для инородцев, для детей нерусских народов учреждаются особые начальные училища (русско-татарские, русско-чувашские и др.), значительно расширяется сфера использования родного языка. Возникает потребность в компетентных специалистах национального образования, владеющих языками местных народов, поэтому в 1908 г. Я.Д. Коблов как известный деятель «инородческого» образования был приглашён на службу в Министерство народного просвещения. Будучи инспектором народных училищ Казанского учебного округа (с 1908 по 1910 гг. – инспектором Елабужского уезда Вятской губернии, с 1910 по 1914 гг. – Казанского уезда Казанской губернии), он непосредственно познакомился с организацией образовательного процесса в начальной школе для нерусских народов, системой подготовки национальных педагогических кадров, содействовал привлечению в национальные школы учителей, владеющих «инородническим языком». Также Я.Д. Коблов инспектировал мусульманские конфессиональные школы (мектебы и медресе), анализировал состояние учебно-воспитательного дела, применяемые методы обучения, выступал за более широкое использование в процессе обучения, наряду с арабским, родного языка. Большая заслуга Я.Д. Коблова в том, что он одним из первых обратился к детальному изучению мусульманской школы, изложив свои наблюдения в фундаментальной работе «Конфессиональные школы казанских татар». Активная административно-педагогическая деятельность Я.Д. Коблова в должности инспектора народных училищ Казанского учебного округа способствовала его дальнейшему карьерному росту. В ноябре 1914 г. он был перемещён на должность окружного начальника Киевского учебного округа. Здесь ему предстояло заниматься расширением «школьных сетей» для нерусского населения округа в соответствии с новыми Правилами о начальных училищах для инородцев от 14 июня 1913 г. В Киевском учебном округе необходимость реорганизации начальной народной школы, а также расширения использования в обучении государственного (русского) и родных языков была вызвана усилением культурного влияния немцев, поляков, евреев на местное нерусское население, их религиозной и этнической ассимиляцией. Реализация этих задач существенно усложнялась обстоятельствами военного времени и развернувшейся в обществе кампании против «немецкого засилья». События 1917 г. заставили Я. Д. Коблова вернуться в Казань, в свою alma mater, где он был восстановлен в должности профессора. После утверждения советской власти в Казани и последовавшей реорганизации духовных учебных заведений, Я.Д. Коблов был вынужден искать светскую службу, продолжить свою научно-педагогическую деятельность в других городах. Для исследователей остаётся неизвестным период биографии профессора Я.Д. Коблова с 1918 по 1920 гг. (исследователи полагают, что он также как десятки тысяч других беженцев передвигался по Транссибу на Восток России, спасая семью от разрухи, голода, нищеты).