Так, Д.Ф. Касицын считал протестантизм переходом от христианства, «уже потемнённого в католичестве, к язычеству и безбожию», а сами понятия «протестантский мир, протестантская церковь» – чем-то «бессодержательным и бессмысленным». Неудачным казался Д.Ф. Касицына и термин «реформатская церковь», т.к. средневековая католическая церковь пережила множество реформ и протестов, и нет основания именно этот определённый протест против неё, именно эту попытку её реформировать называть реформаторством. Именование же «церковь евангелическая» Д.Ф. Касицын признавал произвольным, т.к. «начало так называемой евангелической церкви» не имеет в себе ничего древнего и священного, кроме самого названия, «совершенно кощунственно и произвольно» приложенного к «чисто канцелярскому измышлению». Две статьи Д.Ф. Касицына, посвящённые Московской духовной академии, вызвали бурную дискуссию как в самой академии, так и во всём московском образованном обществе. Д.Ф. Касицын выступил сторонником перемещения Московской духовной академии из Сергиева Посада в Москву, причём аргументировал предложение тем, что расположение духовных школ в обителях является «пережитком Средневековья», когда учёность искала в монастырских стенах защиты и материальной поддержки для «мирных умственных занятий». Отрыв высшей богословской школы от реальной жизни приводит к замкнутости школы «в самой себе», вращению мысли «в одних и тех же, однажды навсегда замкнутых формах, без духа оживляющего», трате сил и способностей «на мелочи и забвение насущных потребностей жизни», силе в мелочах и слабости «в главном, существенном». В этих же статьях Д.Ф. Касицын критиковал изменения структуры высшего духовного образования, проведённые реформой 1869 г. Он считал, что выведенные из состава академий «физика и математика для пастырей Церкви несравненно полезнее вновь открытых особых кафедр пастырского богословия, гомилетики, сравнительного богословия, славянских наречий». В изменениях, происшедших в высшем духовном образовании, Д.Ф. Касицын видел разрушение идеи «духовного универсума», заложенной в академическое образование реформой 1808–1814 гг., превращение духовных академий в богословские факультеты. При таком положении отрыв от университета, а также от городских библиотек приведёт Московскую духовную академию к тому, что «с одним своим богословским факультетом она окажется в совершенно замкнутом круге». Критические замечания и предложения Д.Ф. Касицына вызвали негативную реакцию одних членов корпорации Московской духовной академии – преимущественно старшего поколения (ректора Московской духовной академии протоиерея Александра Васильевича Горского, Петра Симоновича Казанского) – и поддержку других, более молодых (Василия Никифоровича Потапова, А.А. Смирнова). Строго оценил статьи и Московский митрополит Иннокентий (Вениаминов), что побудило Правление Московской духовной академии потребовать у Д.Ф. Касицына объяснение по поводу его печатного выступления. «Дело Касицына» хранилось в личном архивном фонде ректора Московской духовной академии протоиерея А.В. Горского. Д.Ф. Касицын – автор статей, иногда и не связанных напрямую с его служением, но обусловленных актуальными проблемами церковной жизни («О духовной цензуре»), а также ряда небольших статей и заметок в «Душеполезном чтении», не всегда даже подписанных. Посмертный «Сборник статей» (1902 г.) отражает весь жизненный путь протоиерея. В ранних статьях, 1870 гг., автор предстаёт историком и наблюдателем-путешественником, апологетом православия и полемистом с западными конфессиями. Последние же статьи, 1890 гг., принадлежат пастырю и строителю православной общины, всецело погружённому в практическую церковную жизнь. Большое внимание в статьях 1890 гг. уделяется вопросу о миссиях: Д.Ф. Касицын писал о том, как улучшить миссионерскую деятельность; об образовании православной миссионерской академии; о государственном значении миссии. Важной темой для Д.Ф. Касицына было осмысление царской власти в Российской империи, значение царя как помазанника Божия, соответствующего отношения к нему подданных, «Царского пути», определённого единственно волей Божьей.