В 1923 г. местным властям поступил донос, что насельницы продолжают совершать богослужения. Игуменья Ермогена с восемью сёстрами переселилась в село Половники (ныне деревня Княжпогостского района Республики Коми). В 1932 г. большая часть кылтовских монахинь была арестована и сослана в лагерь принудительных работ, в том числе на Соловецкие острова. Так, монахиня Анна (Шергина) в 1933 г. была лишена права проживания в 12 населённых пунктах Уральской области в течение трёх лет, монахини Анна (Байбородина), Анна (Дьячкова), Евфалия (Куракина), Евдокия (Екатерина (?) Ларионова), Наталия (Федюкова), Татиана (Мальцева) и др. в 1933 г. осуждены на три года ссылки в Северный край. Монахиня Анастасия (Полуянова; ум. в 1942 г.) в середине 1930 гг. проживала вместе с другими сёстрами в Сыктывкаре, оказывала помощь ссыльным священникам и инокам, в 1937 г. была арестована, осуждена на десять лет лишения свободы. Служивший в Кылтовском монастыре священник Вячеслав Анатольевич Дьяков проживал в Половинках, в 1933 г. был арестован и сослан в Северный край. В 1937 г. близ города Сыктывкара была расстреляна бывшая послушница Кылтовского монастыря Елисавета Александровна Ярыгина (канонизированная в 2001 г.). В 1923–1929 гг. на территории упразднённого Кылтовского монастыря находилась колония для беспризорных детей Кылтовский детский городок, с 1930 г. – две тюрьмы, мужская и женская. Близ тюрем был создан совхоз Ухтпечлага, а затем Севжелдорлага, ставший частью системы исправительно-трудовых лагерей. На кладбище Кылтовского монастыря хоронили заключённых кылтовских тюрем, среди них был похоронен и митрополит Херсонский и Одесский св. Анатолий (Грисюк). После 1953 г. начались реформы исправительно-трудовых лагерей, кылтовские тюрьмы были упразднены, и на базе совхоза Севжелдорлага образован колхоз. Разрушавшийся собор использовали как клуб, столовую, склад цемента. Храм лишился куполов, водостоков, крыши. С 1971 г. сохранившиеся сооружения Кылтовского монастыря были взяты под охрану государства как памятники архитектуры. В начале 1990 гг. постройки Кылтовского монастыря были переданы РПЦ. 16 июля 1995 г. монастырь был вновь открыт, настоятельницей стала игуменья Стефанида (Запорощенко). 15 июля 2009 г. с целью восстановления Кылтовского монастыря в его историческом виде создан фонд «Воздвижение Креста». К 2015 г. на территории монастыря действовали четыре храма: во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, преподобного Афанасия Афонского, святителя Николая Чудотворца и в честь Воскресения Христова. Планируется выстроить сестринские корпуса, богадельню для престарелых и инвалидов, гостиницы, иконописную и золотошвейную мастерские. Среди чтимых святынь Кылтовского монастыря – деревянный крест (по преданию, его установил в 1820 гг. пустынник Василий Пестерев; крест был утрачен после 1917 г. и обретён в 1996 г.), иконы Божьей Матери Казанская, «Целительница», Иерусалимская, Феодоровская, «Нерушимая Стена».