Научные достижения Ю.А. Кулаковского пользовались государственным и общественным признанием. Он был членом Императорской Археологической комиссии, Московского археологического общества, вице-председателем Киевского художественно-промышленного и научного музея. Некоторые его выступления получили широкий общественный резонанс. Так, в 1891 г. Ю.А. Кулаковский прочёл публичную лекцию «Христианская церковь и римский закон в течение первых двух веков». Ю.А. Кулаковский впервые в России публично продемонстрировал научно обоснованные представления о сравнительной религиозной толерантности Римской империи, показал, что переход к религиозной нетерпимости произошёл в позднем Риме вместе с торжеством христианства. Выступление Ю.А. Кулаковского вызвало неприятие у многих его современников и коллег, его критиковали коллеги в «Трудах Киевской духовной академии», но Ю.А. Кулаковский в течение ряда лет успешно вёл полемику со своими противниками. В начале XX в. он стремился активно участвовать в политической жизни, выступал как сторонник монархии; с 1906 г. вступил в правую консервативную партию «Русское собрание»; с 1909 г. был членом совета киевского клуба русских националистов. На протяжении всей жизни Ю.А. Кулаковский сохранял широту научных интересов. Как филолог в соавторстве с профессором Адольфом Израилевичем Сонни перевёл с латыни «Римскую историю» Аммиана Марцеллина (IV в.; Киев, 1906–1908 гг.). Последнее десятилетие жизни Ю.А. Кулаковский посвятил созданию большого труда по истории ранней Византии. Издал три тома, посвящённых подробному изложению известных к тому моменту событий социально-политической и церковной истории Византии в 395–717 гг. В этой работе он сосредоточился, в основном, на уточнении множества фактов, отказавшись от обсуждения исследовательских проблем и научно-теоретических обобщений. В 1915–1919 гг. Ю.А. Кулаковский готовил к изданию рукопись четвёртого тома истории (VIII в.). Рукопись была утрачена после смерти Ю.А. Кулаковского.