После закрытия церкви св. Ольги служил псаломщиком, затем священником в церкви Воскресенской Слободки в Киеве. 28 апреля 1938 г. арестован и 26 сентября того же года приговорён особым совещанием при НКВД СССР к пяти годам исправительно-трудовых лагерей. Отправлен в Соликамский лагерь в Пермской области. Освобождён 5 мая 1942 г., определён к поселению под административный надзор на пять лет в одном из сёл близ города Кунгур. По истечении срока ссылки в июне 1947 г. вернулся в Киево-Печерскую лавру. В 1948 г. был назначен схиигуменом. Проживал в схимническом корпусе в Ближних пещерах. Нёс послушание свечника и проводника по Ближним пещерам. Кукша пользовался большим уважением и известностью как духовный наставник и исповедник. Большое количество паломников стремились к нему за советами и назиданиями. 23 октября 1951 г. был переведён схиигуменом в Почаевскую в честь Успения Пресвятой Богородицы лавру. Нёс послушание у Почаевской иконы Божьей Матери и совершал литургию в пещерном храме. Кукшу посещало множество паломников, желавших попасть к нему на исповедь. С марта по апрель 1957 г. церковное священноначалие определило Кукше пребывать в затворе. В апреле Кукша был переведён в Крещатицкий во имя апостола Иоанна Богослова мужской монастырь в селе Крещатик Черновицкой области, где продолжал принимать паломников. В 1960 г., после закрытия черновицкого в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы женского монастыря, его монахинь перевели в Крещатицкий монастырь, а монахов из Крещатицкой обители – в Почаевскую лавру. Кукша был переведён в одесский в честь Успения Пресвятой  Богородицы мужской монастырь. Осенью 1964 г. он тяжело заболел и 24 декабря того же года скончался. Во избежание стечения народа похороны состоялись в тот же день на монастырском кладбище близ Успенского храма. Могила Кукши пользовалась почитанием среди верующих, которые обращались к св. угоднику с просьбами о помощи и получали облегчение в скорбях и болезнях. 29 сентября 1994 г. были обретены мощи Кукши. Он был прославлен в лике местночтимых святых постановлением Синода УПЦ от 4 октября 1994 г. 19 октября 2009 г. митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан) совершил освящение нижнего храма во имя КукшИ в новопостроенном соборе в честь иконы БожЬей Матери «Живоносный Источник», расположенном на территории одесского Свято-Успенского мужского монастыря.