В 1971 г. Рихард Краутхаймер прекратил преподавание и в качестве заслуженного профессора (emeritus) вернулся в Рим, где поселился при Герциане. Здесь он завершил работу над сводом памятников архитектуры и написал два исследования по архитектуре Рима, которую изучил досконально. Знание социальной истории, письменных источников и принципов истории архитектуры позволили Рихарду Краутхаймеру образно развернуть живую картину становления церковного зодчества IV–V вв. и появления христианского города. Лекции Рихарда Краутхаймера, прочитанные в мае 1979 г. в Калифорнийском университете в Беркли (США), были изданы в 1985 г. («Three Christian Capitals: Topography and Politics»). В конце жизни он пришёл к мысли создать цельную картину сложения христианского города и его архитектуры, выяснить причины и определить этапы преобразования города античного мира в город христианской эпохи. Рихард Краутхаймер думал переработать курс 1965 г., дополнив его разделом о градостроительстве. Однако успел лишь обрисовать контуры становления церковного зодчества IV–V вв. и появление христианского города на примере крупнейших столиц поздней Римской империи – Рима, Константинополя и Медиолана (Милана) – как принципиально нового и цельного историко-культурного явления. Исследователи отмечают, что подход Рихарда Краутхаймера к анализу архитектуры и градостроительства и его церковно-политическая топография основаны на совокупном анализе исторических, археологических, юридических и ландшафтных данных и учитывают влияние на архитектуру законодательства поздней Античности, социальной жизни, состояния финансов и перемен в структуре гражданского и военного управления империей, но, в первую очередь, – развития богословия и борьбы различных направлений в христианстве. Рихард Краутхаймер привлекал огромное количество новой информации (данные раскопок, обмеры архитектуры, иконографический материал: рисунки, картины, фрески, эпиграфику и нумизматику, картографию и письменные источники). Таким образом, Рихард Краутхаймер заложил основу методики и определил направление дальнейшей работы для своих последователей, в том числе русских. Он создал своего рода «исследовательский мост», который связал столицы западной и восточной частей Римской империи, Италию и Византию. Рихард Краутхаймер умер в Палаццо-Цуккари (одно из зданий библиотеки Герциана). Оставил много учеников, особенно в университете Нью-Йорка (Г. Салман, Лео Штейнберг, Ф. Хьюмер, М. Трахтенберг, С. Чурчич, Д. Кинни). 100-летие со дня рождения Рихарда Краутхаймера отмечено научными конференциями и сборниками, посвящёнными его памяти. Влияние Рихарда Краутхаймера в европейском и американском искусствознании остаётся значительным. Его подходы к программно-смысловой интерпретации средневекового здания и взаимоотношений архитектуры, политики и сакральной топографии в градостроительстве приобрели известность в том числе в России, особенно после выхода в 1969 г. сборника его статей, а также публикации русского перевода книги «Три христианские столицы» (2000 г.).