16 января 1931 г. комиссия утвердила разработанную с участием П.А. Красикова инструкцию «О порядке проведения в жизнь законодательства о культах», уточнявшую правила регистрации и ликвидации религиозных общин, а также все виды запрещённой им деятельности. Тогда же П.А. Красиков разработал проект «Положения о Постоянной центральной и местной комиссиях по рассмотрению религиозных вопросов», утверждённого Президиумом ВЦИК 30 мая 1931 г. В январе-декабре 1931 г. П.А. Красиков был ответственным редактором журнала «Воинствующий атеизм». 17 августа 1933 г., после упразднения Прокуратуры Верховного Суда СССР, назначен заместителем председателя Верховного Суда СССР. Во время болезни председателя Комиссии по вопросам культов при Президиуме ВЦИК (с мая 1934 г. – при Президиуме ЦИК СССР) Петра Гермогеновича Смидовича исполнял обязанности главы комиссии. После смерти П.Г. Смидовича 16 апреля 1935 г. назначен председателем Комиссии по вопросам культов. С февраля того же года – член Конституционной комиссии СССР, стал одним из авторов проекта конституции страны. В середине 1930 гг. П.А. Красиков, оставаясь убеждённым атеистом и сторонником идейной борьбы с религией, пересмотрел свои взгляды на методы религиозной политики и занимал теперь по этим вопросам гораздо более умеренную позицию, чем большинство представителей партийно-государственного руководства. По мнению исследователей, подобная эволюция взглядов была связана с непосредственной работой с обращениями верующих. В связи с продолжающимся наступлением на церковь и массовым закрытием храмов в Комиссию по вопросам культов поступало всё больше жалоб на нарушение религиозных прав граждан. По словам П.А. Красикова, «приток жалоб и ходоков поглощает... все наши физические возможности». В 1935–1937 гг. комиссия рассмотрела за год около 9–10 тыс. обращений и приняла две–три тыс. посетителей. П.А. Красиков предпринимал меры по разработке законодательства СССР по религиозным вопросам, приведению норм законодательства о культах, действующих в союзных республиках, к единым нормам. В служебных документах, направляемых в вышестоящие государственные и партийные инстанции, он обращал внимание на нарушения со стороны местных властей при массовом закрытии храмов. В начале 1936 г. в докладной записке ЦК ВКП(б) П.А. Красиков отметил «большое количество грубых нарушений советского законодательства о религиозных культах на местах. Причём количество нарушений за последние годы растёт». Он негативно оценивал политику местных органов власти по отношению к верующим: «В ходу административные приёмы, застращивания, репрессии. Отдельные работники всех верующих считают контрреволюционерами, а следовательно, и не желают считаться с их просьбами, хотя и вполне законными». П.А. Красиков писал, что «большинство церквей закрывается без проведения достаточной массовой антирелигиозной работы среди населения…, без учёта степени религиозности населения. При закрытии церквей не обращается внимание на то, остаётся ли поблизости другая функционирующая церковь, где бы верующие могли отправлять религиозные обряды». Призыв П.А. Красикова к высшему руководству привлекать, «невзирая на лица», к ответственности виновных в нарушении законов в религиозной сфере не был услышан. В ноябре 1936 г. по инициативе П.А. Красикова состоялось совещание по религиозным вопросам с участием представителей органов власти союзных республик, АН СССР, Центрального Совета СВБ, различных ведомств.