Во время тюремного заключения Корнилия поступило больше десятка прошений от приходов с просьбой о его освобождении. 7 июня коллегия Владимирской ГубЧК постановила выслать Корнилия за пределы губернии. Это решение властей вызвало протест верующих, поступило ещё больше 15 ходатайств с просьбой оставить епископа, однако Корнилий всё же был вынужден выехать в Москву. Только в январе 1922 г. он вернулся в Вязники. В мае того же года, после ареста патриарха Тихона, созданное при поддержке властей обновленческое Высшее церковное управление (ВЦУ) заявило о переходе к нему руководства церковью. Опасаясь репрессий, многие епархиальные архиереи подчинились обновленцам. 16 июня Владимирский митрополит Сергий (Страгородский) также подписал совместно с архиепископами Нижегородским Евдокимом (Мещерским) и Костромским Серафимом (Мещеряковым) так называемый «Меморандум трёх» о признании ВЦУ законным священноначалием. Несмотря на искреннее уважение к митрополиту Сергию, у которого Корнилий был студентом и пострижеником, он решительно отказался подчиниться «Меморандуму трех», заявив, что в этом вопросе «митрополит для него не авторитет». Благодаря влиянию Корнилия в Вязниковском викариатстве лишь два священника перешли к обновленцам, а все остальные сохранили верность патриаршей церкви. Осенью 1922 г. Корнилий проживал во Владимире. 14 октября при посещении его высокопоставленным представителем обновленцев епископ заявил, что «ВЦУ не признаёт, ему не подчиняется и впредь подчиняться не будет». В ноябре «за непризнание ВЦУ и агитацию против обновленческого движения» высший обновленческий орган принял постановление об увольнении Корнилия на покой. Поскольку Корнилий не подчинился распоряжениям обновленцев, 29 ноября он был арестован ГПУ и заключён во Владимирский исправдом. У исследователей есть сведения, что во время заключения Корнилий сблизился с находившимся там Ковровским епископом Афанасием (Сахаровым). В дальнейшем архиереи поддерживали переписку друг с другом до самой смерти Корнилия. На единственном допросе, 12 декабря 1922 г., Корнилий заявил: «На обновленческое движение в Церкви я смотрел отрицательно, так как оно не канонично и не православно. В настоящее время я ВЦУ не подчиняюсь и не буду подчиняться, ибо я признаю вполне каноничной и законной власть Патриарха». В марте 1923 г. решением Комиссии НКВД по административным высылкам Корнилий был приговорён к трём годам ссылки в Сибирь. Отбывал её в северной части Томской губернии (так называемый Нарымский край). Весной 1926 г., после окончания срока ссылки, Корнилий вернулся во Владимир, около месяца был епископом Владимирским и Суздальским.