Во время служения в селе Клыкове иеромонах Пантелеимон половину своего дохода отдавал на нужды прихода церковному старосте. В 1937 г. иеромонах Пантелеимон был арестован в Козельске, обвинён в контрреволюционной деятельности и приговорён к расстрелу. 5 декабря того же года приговор был приведён в исполнение в Сухиничской тюрьме. В 1930 г. была разобрана колокольня, в 1937 г. закрыт храм, в котором местный колхоз имени Ивана Васильевича Мичурина устроил зернохранилище, а затем мастерскую по ремонту техники. После разрушения крыши трапезной части храма в помещении церкви стали хранить азотные удобрения. К 1991 г. здание находилось в аварийном состоянии: не было кровли, отсутствовали окна и пол, на стенах имелись глубокие трещины, на сводах росли деревья, разрушались перекрытия. 28 марта 1991 г. Спасская церковь была открыта, с 1995 г. её ремонтировали. 11 января 1993 г. по благословению архиепископа Калужского и Боровского Климента (Капалина) при храме было образовано архиерейское подворье, а 18 октября того же года настоятелем подворья назначен игумен Пётр (Барабан). При подворье сформировалась монашеская община, в основном, из братии Оптиной пустыни. 22 сентября 1998 г. в восстанавливавшемся Спасском храме архиепископ Климент (Капалин) освятил придел во имя Николая Чудотворца, 28 ноября 1999 г. – центральный придел. 17 июля 2001 г. решением Синода в селе Клыкове открылся мужской монастырь. К марту 2014 г. в Клыковском монастыре проживало около 20 насельников, наместником был игумен Михаил (Семёнов). В монастыре имеются также храмы во имя священномученика Кукши, Новомучеников и исповедников Российских, колокольня, келейный корпус и дома насельников, ограда. Обители принадлежат земельные угодья, пасека; насельники разводят крупный рогатый скот. В 2008 г. рядом с Клыковским монастырём началось строительство посёлка Спасово, который позиционируется как православное поселение. В Клыковском монастыре хранятся частицы св. мощей: апостола Андрея Первозванного, святителей Московского  патриарха Тихона (Беллавина), Игнатия (Брянчанинова), Иннокентия (Борисова), Луки (Войно-Ясенецкого), Тихона Задонского, священномучеников Кукши, Иосифа, епископа Астраханского и Терского, Харалпмпия, епископа Магнезийского, Хозевитских мучеников, св. князя Александра Ярославича Невского, преподобных Сергия Радонежского, Серафима Саровского, Саввы Вишерского, Варнавы (Меркулова), Севастиана (Фомина), Феодора (Ушакова) Санаксарского, Арефы Верхотурского, праведного Артемия Веркольского, нескольких Киево-Печерских, Оптинских и Афонских святых. В монастыре особо почитаются иконы святителя Николая Чудотворца, великомученика Димитрия Солунского, Тихвинский и Иверский образа Божьей Матери. За алтарём Никольского придела Спасского храма похоронена схимонахиня Сепфора (Шнякина; 19 марта 1896 г. – 13 мая 1997 г.), с 1996 г. проживавшая в обители. За советами к ней в Клыково приезжали многие миряне, насельники Оптиной пустыни, сёстры Шамординского Амвросиева в честь Казанской иконы Божьей Матери монастыря. Рядом с Клыковским монастырём освящён св. источник в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник», над ним построена деревянная купальня с купелью.