Указом Святейшего Синода от 10 декабря 1789 г. в Красногорский в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь были переведены сёстры киевского девичьего монастыря во имя апостола Иоанна Богослова и золотоношского в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастыря. Красногорский в честь Покрова Пресвятой Богородицы женский монастырь был отнесён ко второму классу. Первой настоятельницей стала игуменья Макрина (1789–1795 гг.), затем монастырём управляли игуменьи Стефанида (1795–1813 гг.), Феодотия (1814–1815 гг.), Тавифа (1815–1819 гг.), Варсонофия (1819–1840 гг.), Клеопатра (1840–1851 гг.), Анатолия I (1851–1861 гг.), Анатолия II (1862–1889 гг.), Олимпиада (1889–1896 гг.), Ангелина (1897–1900 гг.) и Нонна (1900–1918 гг.). К 1914 г. в обители проживали схимонахиня, 52 монахини, 147 указных послушниц и около 350 неуказных послушниц, к 1917 г. – около 750 насельниц. К началу XX в. в Красногорском в честь Покрова Пресвятой Богородицы женском монастыре были Преображенский храм с приделом на хорах во имя великомученика Георгия Победоносца (1771 г.), тёплая каменная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы с приделом Сретения Господня (1859–1860 гг.), возведённая на средства бывшего Полтавского и Переяславского епископа Нафанаила (Савченко; ум. в 1875 г.), а также келейные и хозяйственные постройки. В 1874 г. в двух верстах от Красногорского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря, на территории монастырского поместья «Дача», было основано женское епархиальное духовное училище (впоследствии трёхклассное), при котором был домовый деревянный храм во имя апостола Иоанна Богослова с приделом в честь Рождества св. Иоанна Предтечи (закрыт в 1920 гг.). К поместью «Дача» примыкал сад «Куща». В 1903 г. Красногорский в честь Покрова Пресвятой Богородицы женский монастырь приобрёл хутор Ивановщина размером 300 десятин. На его территории в начале XX в. была возведена каменная церковь во имя Святой Троицы. Кроме того, Красногорскому в честь Покрова Пресвятой Богородицы женскому монастырю принадлежал хутор Борзаковщина, расположенный в 12 км от обители. К 1904 г. монастырь получал из казны 460 руб. 84 коп. К середине XIX в. в Красногорском в честь Покрова Пресвятой Богородицы женском монастыре хранились подаренные епископом Софронием (Кристалевским) серебряный потир весом 7 фунтов 9 золотников, серебряная дарохранительница, выполненная «в виде башни или прорезной пирамиды», украшенные серебром большое и малое Евангелия (1754, 1759 гг.), а также грамоты царей Алексея Михайловича, Ивана Алексеевича, Петра Алексеевича и царевны Софьи Алексеевны, относящиеся к владениям нескольких киевских монастырей. Чтимая Дубенская икона Божьей Матери сначала находилась в Георгиевской церкви, с конца XVII в. – в Покровском храме над царскими вратами, а к началу XX в. – в Преображенском соборе над царскими вратами, в «устроенном золочёном круге» (в дни особых торжеств её спускали «для благоговейного поклонения» паломников). 16 августа совершался крестный ход в село Антиповка с Дубенской иконой «в воспоминание избавления» селян от эпидемии холеры в 1860 гг. 24 августа икону возвращали в обитель и 25 августа обносили вокруг Красногорского в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыря с чтением Акафиста.