В 1930 гг. в нём проживало около 700 монахов, действовала типография (к 1939 г. издавались шесть газет и журналов общим тиражом более 1,2 млн. экз.). В сентябре 1929 г. при монастыре открылась малая миссионерская семинария; в декабре 1938 г. начала вещание католическая радиостанция. В феврале 1930 г. М.М. Кольбе вместе с четырьмя монахами отправился как миссионер в Японию. В мае того же года начал издавать в Нагасаки на японском языке журнал «Рыцарь Непорочной Девы» («Сэйбо-но Киси»), в мае 1931 г. основал близ Нагасаки францисканский монастырь «Сад Непорочной Девы» («Мугендзай-но Соно»; уцелел после бомбёжки Нагасаки в 1945 г.). В 1932 г. посетил Индию, где также пытался организовать миссию «Воинства Непорочной Девы». В 1936 г. из-за проблем со здоровьем вернулся на родину. Вскоре после нацистской оккупации Польши Непокалянув был занят немецкими войсками. 19 сентября 1939 г. М.М. Кольбе и около сорока монахов, отказавшихся покинуть монастырь, были арестованы, но в декабре того же года освобождены. Вернувшись в Непокалянув, М.М. Кольбе организовал в нём мастерские и службу помощи нуждающимся, укрывал от нацистов евреев (по некоторым данным, до 2 тыс. человек). В феврале 1941 г. оккупационные власти объявили о закрытии монастыря Непокалянув, М.М. Кольбе и четыре монаха были арестованы гестапо. М.М. Кольбе содержался в варшавской тюрьме Павяк, 28 мая был переведён в концлагерь Освенцим (под номером 16670). Там помимо общих работ М.М. Кольбе продолжал вести пастырскую деятельность: утешал, крестил, исповедовал, шёпотом совершал богослужения. В конце июля 1941 г. после неудачной попытки побега заключённого администрация концлагеря осудила на смерть десять других арестантов. М.М. Кольбе добровольно вызвался пойти на смерть вместо одного из них, отца двоих детей молодого сержанта Францишека Гаёвничка (тот выжил, в апреле 1945 г. был освобождён советскими и польскими войсками из концлагеря Заксенхаузен). М.М. Кольбе и других смертников около двух недель содержали без пищи и воды в подземном карцере. 14 августа ему и трём другим узникам, ещё остававшимся в живых, сделали смертельную инъекцию; на следующий день тело М.М. Кольбе было сожжено в крематории. М.М. Кольбе беатифицирован 17 октября 1971 г. папой Римским Павлом VI. 10 октября 1982 г. папа Иоанн Павел II причислил М.М. Кольбе к лику святых мучеников Римско-католической церкви. На церемонии канонизации М.М. Кольбе присутствовали около 200 тыс. человек, в том числе Ф. Гаёвничек (ум. в 1995 г.). Во имя М.М. Кольбе освящено несколько католических храмов в Польше, М.М. Кольбе посвящён католический приход в селе Весёлое Городовиковского района Калмыкии. В Непокалянуве с 1998 г. действует музей М.М. Кольбе.