К 1150 г. исследователи относят организационное оформление Коллегия кардиналов как отдельной корпорации, за которой папа Евгений III закрепил наименование «Священная Коллегия кардиналов» (использовалось до 1983 г.; в ныне действующем Кодексе канонического права Коллегия кардиналов не называется Священной, но в конституции «Universi Dominici gregis» это наименование используется). С оформлением Коллегия кардиналов как коллегиального органа некоторые исследователи связывают появление должности кардинала-камерленго Коллегии кардиналов (сamerarius Sacri collegii), которому поручалось управление имуществом и финансами Коллегии кардиналов, однако в документах о должности камерленго Коллегии кардиналов впервые упоминается в 1272 г. 18 июля 1289 г. папа Римский Николай IV предоставил Коллегии кардиналов право на получение половины доходов Папского престола от некоторых налогов и сборов (в том числе денария святого Петра, сборов за назначение на епископскую кафедру, выплат во время посещения епископами Рима ad limina apostokorum и др.). Появление и постепенное увеличение доходов Коллегии кардиналов от принадлежавшего ей имущества и получение части папских выплат обеспечили кардиналам финансовую независимость от Римского папы, что позволяло в значительной степени контролировать принятие решений Папским престолом. Одним из вопросов, по которому Коллегия кардиналов в течение длительного времени оспаривала право единоличного решения Римского папы, было назначение новых кардиналов. В период расцвета концилиаризма (см. Соборное движение) декретом Базельского собора «De numero et qualìtate cardinalium» от 26 марта 1436 г. была закреплена необходимость получения письменного согласия большинства членов Коллегия кардиналов на назначение новых кардиналов, однако эту меру упразднил папа Римский Лев X, который в 1517 г. назначил новых кардиналов без согласия Коллегия кардиналов. Безоговорочное право папы Римского назначать кардиналов по своему усмотрению было окончательно установлено буллой папы Римского Сикста V «Postquam verum ille» от 3 декабря 1586 г., в которой функция Коллегии кардиналов при назначении её новых членов сводится к совету. В ныне действующем Кодексе канонического права 1983 г. предусмотрено оглашение перед Коллегией кардиналов декрета Римского папы о возведении кого-либо в достоинство кардинала, но для такого возведения согласия Коллегии кардиналов не требуется. Со временем у Коллегии кардиналов сложился аппарат управления; к XX в. он состоял из секретаря, субститута, минутанта, помощника минутанта, бухгалтера, депозитария, архивиста и писца. В 1625 г. папа Римский Урбан VIII учредил архив Коллегии кардиналов. Разрушение к середине XIX в. бенефициарной системы управления церковным имуществом (см. Бенефиций церковный) в результате наполеоновских войн и буржуазных революций, а также упразднение Папского государства в 1870 г. вследствие объединения Италии (Рисорджименто) привели к возникновению централизованного финансирования кардиналов из средств Папского престола в виде пенсий и выплат.