В 1993–1996 гг. Климент был членом Общественной палаты при Президенте России. В 1994–2009 гг. входил в состав Комиссии по вопросам религиозных объединений при Правительстве РФ. С 2004 по 2009 гг. – член Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте России. С октября 2005 г. по январь 2010 г. был членом Общественной палаты РФ, председателем комиссии Общественной палаты по сохранению духовного и культурного наследия (с 2006 г.). Архиерейским Собором РПЦ 25 января 2009 г. избран одним из трёх кандидатов на патриарший престол (получил 32 голоса). 27 января на поместном Соборе Русской православной церкви 2009 г. по итогам голосования на выборах патриарха занял второе место (169 голосов из 702 голосовавших). 31 марта 2009 г. Священным Синодом назначен председателем Издательского совета РПЦ и освобождён от обязанностей управляющего делами Московской патриархии. С 2010 г. – председатель комиссии Межсоборного присутствия РПЦ по вопросам организации церковной социальной деятельности и благотворительности. С 22 марта 2011 г. – член Высшего Церковного Совета РПЦ. Председатель открытого конкурса изданий «Просвещение через книгу» (с 2009 г.). Секретарь Палаты попечителей Патриаршей литературной премии имени св. равноапостольных Кирилла и Мефодия (с 2010 г.). В качестве правящего Калужского архиерея Климент приложил много сил к возрождению церковной жизни в епархии. К моменту вступления Климента в управление епархией в ней было всего 34 церковные общины (часть – без молитвенных помещений). К концу 1990 г. было организовано 11 новых общин, а в 1992 г. действовали уже 80 приходов и у всех были храмы или молитвенные помещения. В большинстве случаях инициатором открытия новых храмов был архиерей. В последующие годы продолжался процесс возвращения храмов, строительство церквей. В городе Обнинске при личном участии Климента была получена земля, и построен храм в честь Рождества Христова. Одновременно велось возрождение монашеской жизни и восстановление монастырей, закрытых в годы советской власти. К приезду Климента на кафедру на территории области не было епархиальных монастырей (было только два ставропигиальных). В первые два года пребывания Климента на Калужской кафедре было открыто четыре монастыря: Пафнутиев Боровский в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужской монастырь, Тихонова Калужская в честь Успения Пресвятой Богородицы мужская пустынь, Черноостровский Николаевский женский монастырь в Малоярославце, калужский в честь Казанской иконы Божьей Матери женский монастырь. Была заново создана система духовного образования и религиозного воспитания. В 1992 г. было открыто Калужское духовное училище, в 1997 г. преобразованное в духовную семинарию, в которой Климент был исполняющим обязанности ректора, а с 29 мая 2013 г. – ректором. В разные годы Климент преподавал в Калужской духовной семинарии церковную историю, патрологию и аскетику. Также Климент был профессором Калужского государственного университета имени Константина Эдуардовича Циолковского.