С 1855 г. по настоянию Кирилла IV в официальных документах наряду с летосчислением по хиджре стали использовать коптский календарь (в 1875 г. заменён европейским календарём). В целом приветствуя правительственные реформы, устанавливавшие равенство перед законом всех подданных вне зависимости от вероисповедания, Кирилл IV выступал против постановлений, угрожавших, по его мнению, положению коптских христиан. Когда в декабре 1855 г. в Египте сбор джизьи с немусульман был заменён воинской повинностью, патриарх попытался всеми силами избежать призыва единоверцев в египетскую армию и предложил восстановить откуп от рекрутчины. Противостояние по этому вопросу хедивского правительства и патриархата привело к обращению Кирилла IV за помощью к европейским державам (в том числе к России) и обострению отношений с правителем страны Мухаммедом Саид-пашой (1854–1863 гг.). Продолжая начатую его предшественником политику утверждения юридической власти патриархата над коптской общиной, Кирилл IV отстаивал приоритет церковной юрисдикции в сфере гражданского права, в частности, в вопросах наследования имущества и семейно-брачных отношений. Важнейшим результатом реформ Кирилла IV стал духовно-нравственный подъём коптской общины и рост авторитета церкви. Другим следствием было появление образованных светских лидеров, желавших не только сделать общественно-политическую карьеру, но и активно участвовать в церковной жизни. В 1856 г. Кирилл IV по приказу Саид-паши совершил поездку в Эфиопию с целью наладить отношения между двумя государствами и разрешить ряд приграничных споров. Этот первый в истории визит коптского Александрийского патриарха к своей эфиопской пастве был также призван урегулировать конфликт между коптским митрополитом Эфиопии Анба Саламой и эфиопским императором Феодором II (1855–1868 гг.). Однако в ходе миссии Кирилл IV вместе с сопровождавшим его митрополитом был арестован по подозрению в шпионаже и подготовке заговора против императора, посажен на несколько дней в тюрьму, а затем почти год провёл в стране в качестве почётного заложника. Лишь после того, как Кирилл IV снял наложенное митрополитом Анба Саламой на императора Феодора отлучение, он был с почётом отпущен на родину. В итоге отношения между коптским Александрийским патриархатом и эфиопским священством ещё больше осложнились. Ряд высказываний и действий Кирилла IV свидетельствуют о рассматривавшейся им возможности объединения восточных церквей (греко-православных, Коптской и Армянской) под патронатом России. Кирилл IV поддерживал доверительные отношения с православным Александрийским патриархом Каллиником (1858–1861 гг.) и привлёк его к освящению нового храма в монастыре св. Антония. Одновременно коптский патриарх пытался наладить связи с РПЦ. Ещё в 1850 г., будучи игуменом, он сопровождал архимандрита Порфирия (Успенского) во время его посещения Египта. В конце 1860 г. архимандрит Порфирий в ходе третьей поездки на арабский Восток неоднократно встречался с Кириллом IV, однако в связи со скоропостижной кончиной патриарха (некоторые коптские источники обвиняют Саид-пашу в отравлении Кирилла IV) так и не начал переговоры об объединении церквей на догматическом уровне. Исследователям известно, что Кирилл IV обращался к чрезвычайному посланнику в Константинополе Алексею Борисовичу Лобанову-Ростовскому с предложением об установлении российской протекции над Коптской церковью.