По мнению исследователей, находясь в Киеве, Кирилл II обратился к поселившемуся в Болгарии члену русского княжеского рода «деспоту болгарам» Иакову Святославу с просьбой прислать рукопись «Кормчей книги». «Испросив у патриарха» Тырновского рукопись «Кормчей», Иаков Святослав приказал в 1262 г. писцу Иоанну Драгославу с помощниками переписать кодекс и отослал список в Киев. Эта «Кормчая» принадлежала к не известной в то время на Руси Сербской редакции, она включала отсутствовавшие в «Древнеславянской Кормчей» материалы законодательства XI–XII вв. и комментарии византийских юристов XII в. В 1284 г. в Рязанской епископии была сделана копия «Кормчей Сербской редакции»: по мнению исследователей, Кирилл II рассылал копии рукописи по епархиям. После 1261 г. снова появляются известия о пребывании Кирилла II в Северо-Восточной Руси. В сентябре 1262 г. митрополит поставил на Ростовскую кафедру епископа Игнатия. В ноябре 1263 г., согласно Житию князя Александра Невского, Кирилл II участвовал в его погребении во Владимире-на-Клязьме. После проведения во второй половине 1250 гг. переписи населения русских земель для обложения данью в пользу Орды представители духовенства были освобождены от уплаты дани и не были внесены в перепись. 1 августа 1267 г. Кирилл II получил ярлык хана Менгу-Тимура, по которому священники и монахи освобождались от каких-либо налогов и обязанностей в пользу ордынских властей. Освобождение распространялось и на братьев и сыновей священников, живущих вместе с ними. Церковные земли и церковные «мастера» должны были остаться за церковью. Запрещалось «хулить» веру, отнимать или портить церковные книги. В ярлыке указывалось, что всё это делается для представителей духовенства, «да правым сердцем Богови за нас и за племя наше молятся и благословляють нас». Выдачу «ярлыка» только частично исследователи объясняют стремлением язычников-политеистов располагать к себе богов разных религий. Внимание к интересам Русской церкви было связано также с тем, что с помощью митрополичьей кафедры правители Золотой Орды хотели установить связи с восстановленной в 1261 г. Византийской империей, которая интересовала ордынских правителей и как возможный союзник в борьбе с враждебными правителями Ирана, и как страна, через которую можно было найти путь к такому противнику государства ильханов, как Египет. В условиях, когда преемники князя Александра Невского не обладали его авторитетом, роль митрополита в Северо-Восточной Руси стала особенно значительной. В 1270 г. новгородцы изгнали из города великого князя Ярослава Ярославича, обвинив его в нарушениях «ряда» с новгородцами. Хотя «князи вси» ручались за Ярослава, что он исправит нарушения, новгородцы отказывались его принять. Дело изменило лишь поручительство за князя Ярослава Ярославича митрополита. В близком по времени к событиям источнике (Синодальном списке Новгородской первой летописи) обращение Кирилла II к новгородцам состоит из нескольких фраз, изложенных в форме прямой речи (Новгородская первая летопись, стр. 89; ср.: «Полное собрание русских летописей», том 4, часть 1, стр. 240). В Никоновской летописи (1520 гг.) помещено небольшое послание митрополита, в котором наряду с обращением к новгородцам излагалось представление о превосходстве духовной власти над светской («Полное собрание русских летописей», том 10). Является ли это послание подлинным сочинением XIII в., исследователям неясно. В 1273 г. Кирилл II прибыл в Северо-Восточную Русь и привёл с собой архимандрита Киево-Печерского монастыря Серапиона, которого поставил епископом Владимирским.