Однако в конце 441 г. из-за придворных интриг близкого ко двору евнуха Хрисафия Кир Панополитанский лишился своего положения, его имущество было конфисковано. Против него были выдвинуты обвинения в язычестве. В 443 г. Хрисафий, стремясь удалить Кира Панополитанского из столицы, добился его рукоположения в епископы города Котией, где предыдущие четыре епископа были убиты местными жителями. Первую гомилию Кира Панополитанского цитирует хронист начала IX в. Феофан Исповедник. Ошибочно указывая кафедру, на которую был назначен Кир Панополитанский, как Смирнскую, он сообщал, что жители города сначала задумали убить епископа, но, когда Кир Панополитанский произнёс краткую проповедь, где заявил, что Рождество Бога и Спасителя лучше всего почитать молчанием, ибо «Божественный Логос был зачат святой Девой одним лишь слухом», паства раскаялась и восхитилась новым епископом. Иоанн Малала и вслед за ним словарь «Суда» отмечали, что Кир Панополитанский умер епископом, однако в действительности после смерти императора Феодосия II Кир Панополитанский сложил с себя сан и переехал как частное лицо в Константинополь. По мнению исследователей, император Маркиан (450–457 гг.) вернул ему конфискованное имущество. В этот период Кир Панополитанский сблизился со знаменитым подвижником Даниилом Столпником. В Житии Даниила рассказано, как святой изгнал беса из дочери Кира Панополитанского Александры, а в благодарность Кир Панополитанский начертал на столпе святого похвальную эпиграмму собственного сочинения, состоящую из трёх элегических дистихов. Дата кончины Кира Панополитанского исследователям неизвестна, исследователи полагают, что она приходится на правление императора Льва I (457–474 гг.). Иоанн Малала называет Кира Панополитанского «философом», однако прежде всего тот прославился как поэт. Иоанн Лид в трактате «О магистратах» писал, что его стихами восхищались ещё в середине VI в., однако упрекал Кира Панополитанского за то, что он не интересовался ничем, кроме поэзии. Классицизирующие квантитативные поэмы Кира Панополитанского сохранились, в основном, фрагментарно. Также Киру Панополитанскому предположительно принадлежит Мученичество св. Мины, написанное по образцу энкомия мученику Гордию Василия Великого.