Карл XI делал всё возможное, чтобы поддерживать единство в королевстве, в том числе и в вопросах вероисповедания и религиозных практик, вплоть до того, что солдаты по воскресеньям патрулировали улицы и следили за посещением церкви подданными короля. Хранителем скрижалей Декалога называли короля, и ему надлежит подчиняться как установленной Богом власти. Риксдаг в 1686 г. провозгласил, что королевская семья Богом и природой предназначена для того, чтобы «управлять нами как абсолютные и полновластные короли, которые связуют нас своей волей и не отвечают за свои поступки ни перед единым человеком на земле». Карл XI ограничивал свой круг чтения Библией и богословскими трудами и не терпел компромисса в религиозных делах. По мнению Эндрю Аптона, при Карле XI Швеция настолько приблизилась к идеалу всеобщего религиозного единства, насколько это вообще было возможно для европейского общества после Реформации. По случаю 100-летия принятия Швецией Аугсбургского исповедания Карл XI написал в дневнике: «Вечная хвала Богу, позволившему нам эти сто лет внимать Его спасительному Слову во всей чистоте. Господь Бог, благоволи нам, чадам Швеции, чтобы мы могли сохранять Твоё чистое слово до скончания века». Религиозные взгляды Карла XI способствовали укреплению королевской власти и превращению шведского короля в абсолютного монарха. В 1686 г. король содействовал принятию в Швеции «Книги Согласия» (см. ст. Согласия формула), сборника лютеранских вероисповедных текстов, и нового закона о церкви, подчинившего духовенство государству; вводились новые катехизис, Служебник (издан в 1693 г.) и молитвенник. Авторами нового катехизиса стали преданные сторонники короля архиепископ Олов Свебилиус и Хаквин Снегель, впоследствии также занимавший эту кафедру. Карл XI приказал сделать новый, переработанный и отредактированный перевод Библии на шведский язык; текст был опубликован только в 1703 г., уже в правление его сына Карла XII. В 1686 г. при Стокгольмской консистории была учреждена официальная должность цензора (лат. Censor librorum) по прошению представителей духовенства в парламенте. В задачи цензора входила защита лютеранства от инакомыслия и философских учений, подобных картезианству (см. ст. Декарт). Лютеранство было важным объединяющим фактором на территориях, которые Швеция контролировала в Скандинавии, Прибалтике и Германии. Хотя в Эстляндии и Ливонии немецкие бароны так и не приняли в полной мере новый церковный закон (пункты об устройстве приходской жизни), он позже сохранял силу для лютеран Прибалтики и в составе Российской империи. В 1691 г. представители духовенства Эстляндии и Ливонии обратились с прошением в Стокгольмскую консисторию, вынудив короля признать ряд проблем: бедность и малый размер приходов, нехватку духовенства, суровые зимы и особенности религиозных практик местного крестьянства. В результате количество обязательных воскресных проповедей для этих провинций было сокращено до двух вместо трёх. Поддержку со стороны лютеранского духовенства также обеспечивало неприятие Карлом XI кальвинизма. В частности, гугенот Пьер де Фалезо, посол Бранденбурга, был отозван из Швеции по требованию короля, поскольку пытался лоббировать интересы кальвинистского меньшинства в преимущественно лютеранской стране. Сменивший его посол Кристоф фон Дона, хотя также был кальвинистом, женился на сестре шведского канцлера Бенгта Оксеншерны, и их дети воспитывались в лютеранской традиции. В проповеди на смерть Карла XI архиепископ Олов Свебилиус утверждал, что «евангелическая лютеранская религия» является единственной верой, которую позволено исповедовать в Швеции, и шведы обязаны с усердием сохранять истинное евангелическое учение.