Членами нового редакционного совета стали Александр Матвеевич Лазаревский, Б.В. Антонович, П.И. Житецкий, О.И. Левицкий, В.П. Науменко, Иван Васильевич Лучицкий, Никандр Васильевич Молчановский, Н.В. Шугуров. Изменения коснулись и самого журнала. Было расширено его содержание и увеличен объём. Но финансовая сторона оставалась в прежнем состоянии. После смерти А.С. Лашкевича портфель руководителя «Киевской старины» был предложен секретарю редакции Евгению Александровичу Кивлицкому (тогда ещё студенту Киевского университета). Главное управление по делам печати утвердило его 20 ноября 1889 г. При этом обязанности научного руководителя журнала фактически исполнял А.М. Лазаревский. 26 июля 1893 г. редактором был назначен В.П. Науменко, преподаватель второй киевской гимназии и член «Киевской громады». С его приходом изменилось и направление «Киевской старины»: научных статей стало меньше, увеличилось количество публицистических и полемических материалов. От аполитичной позиции был осуществлён переход к украинофильской направленности. В 1896 г. редакция объявила конкурс на лучшую научно-популярную работу по истории Украины, учредив премию в размере 1 тыс. руб. В 1897 г. В.П. Науменко организовал и возглавил Киевское общество грамотности. При нём стали активно издаваться отдельные оттиски статей и материалов, ранее опубликованных в «Киевской старине». Опираясь на поддержку киевского губернатора Михаила Ивановича Драгомирова, он частично ослабил давление официальной цензуры. Как следствие, с 1899 г. редакция «Киевской старины» начала заниматься также проведением общественных лекций, организацией благотворительных спектаклей, распространением украиноязычных книг и т.п. Была создана своя типография (1898 г.), и открыт книжный магазин (1899 г.). 23 марта 1902 г. В.П. Науменко был утверждён в должности издателя «Киевской старины». В 1899–1900 гг. в «Киевской старине» появился целый ряд публикаций по истории развития украинского языка, науки и культуры. Характерной чертой «Киевской старины» этого периода исследователи отмечают популяризацию украинской художественной литературы (путём публикации как самих сочинений, так и исследований). В целом конец ХIХ в. исследователи характеризуют уже определённой политизацией журнала. На страницах «Киевской старины» публиковались статьи, связанные с отстаиванием свободы слова и презентацией украинской истории и культуры. Особенно это проявилось в последние годы существования «Киевской старины» – в 1905–1906 гг. Именно поэтому было принято решение об изменении названия и программы журнала. 13 декабря 1906 г. на заседании «Киевской громады» была утверждена его программа. В 1907 г. начал издаваться журнал «Украïна» (было выпущено 12 номеров). За время существования «Киевской старины» были опубликованы работы около 450 авторов самых разных историографических направлений и школ. Здесь печатались исследования российских, польских, еврейских историков. Тематика публикаций была разнообразной – археология, этнография, история, литература и т.д. Большое внимание уделялось публикации работ по истории религии и церкви. Статьи и сообщения по этой тематике охватывали довольно широкий круг вопросов – история церкви, межконфессиональные отношения, взаимоотношения государства и церкви и т.п. Неоднократно публиковались и соответствующие документы. Эти работы принадлежали перу представителей как церковной науки (П.Г. Лебединцев, С.Т. Голубев, И.И. Малышевский и др.), так и гражданской (Владимир Александрович Пархоменко, А.М. Лазаревский и др.). В 1922 г. выпуск журнала был возобновлён под названием «Киïвская старовина».