Ещё одной формой работы комиссии стала публикация материалов её членами на страницах других изданий. Например, в «Чтениях Общества истории и древностей Российских» и «Временнике Общества истории и древностей Российских» регулярно печатались М.А. Максимович, Денис Иванович Зубрицкий, Михаил Осипович Судиенко, П.А. Кулиш. С 1857 г. в работе Киевской комиссии для разбора древних актов появляется политическая направленность. Этому способствовал её председатель Михаил Владимирович Юзефович. В 1865 г. он писал, что деятельность Киевской комиссии для разбора древних актов должна служить «не только научным, но и правительственным целям». По политическим мотивам по инициативе М.В. Юзефовича в 1882 г. с должности главного редактора комиссии был уволен Владимир Бонифатьевич Антонович. В 1864 г. деятельность Киевской комиссии для разбора древних актов послужила образцом для создания аналогичной Виленской комиссии. Разница между ними была только в значительно лучшем финансировании последней и в предмете научных розысков. В 1875 г. обсуждалась возможность слияния Киевской и Санкт-Петербургской комиссий, но реорганизации так и не последовало. Только к 1863 г. сформировалась структура Киевской комиссии для разбора древних актов, просуществовавшая до 1921 г. Центральными фигурами стали председатель, главный редактор и делопроизводитель. В 1845 (1843?) г. Киевскую комиссию официально возглавил правитель канцелярии генерал-губернатора Николай Эварестович Писарев. Затем деятельностью Киевской комиссии для разбора древних актов руководили М.О. Судиенко (1848–1857 гг.), М.В. Юзефович (1857–1889 гг.), Владимир Владимирович Вельяминов-Зернов (1889–1904 гг.) и Владимир Степанович Иконников (1904–1921 гг.). Председатель осуществлял общее руководство и поддерживал связи с другими структурами (государственными, научными, общественными). В научной работе Киевской комиссии для разбора древних актов центральную роль играл главный редактор. В его обязанности входил отбор материалов и подготовка к публикации. Эту должность поочерёдно занимали известные исследователи Н.Д. Иванишев (1859 (1861?) – 1863 гг.), В.Б. Антонович (1863–1882 гг.), Михаил Флегонтович Владимирский-Буданов (1882–1916 гг.) и Михаил Никитич Ясинский (1916–1921 гг.). Из делопроизводителей в Киевской комиссии наиболее известными личностями были Н.Д. Иванишев и Орест Иванович Левицкий, который, занимая эту должность на протяжении 47 лет, собрал большой материал о её деятельности. С середины 1850 гг. необходимость концептуального переосмысления дальнейшей работы комиссии стала очевидной. В результате с 1859 г. начался регулярный выход новой серии – «Архив Юго-Западной России», который продолжался до 1914 г.