В 1779 г. в слободе Зыбкой Михаил Калмык освятил храм в честь Смоленской иконы Божьей Матери. В 1787 г. близ Покровского монастыря в девичьем монастыре Михаил Калмык освятил церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери. Старообрядческие монахи и монахини собирались вместе на праздничные службы, хорошо знали знаменное пение, в том числе демественный распев. Единомыслие в Стародубье было нарушено разногласиями в вопросе о приёме в старообрядчество священников из православной церкви («беглых попов»). На Рогожском кладбище установилась практика приёма через миропомазание, и в 1777 г. было сварено «миро», что вызвало смущение у многих приверженцев «старой веры». Михаил Калмык и настоятель Успенского монастыря близ посада Злынка (ныне город Брянской области) Никодим выступили против мироварения и приёма иереев вторым чином, предлагая принимать их через отречение от ересей (третьим чином). Завязалась переписка с участием старообрядцев из основных беглопоповских центров страны. Своё несогласие с Михаилом Калмыком в сочинении «Беседословие, или увещание, о церковном несогласии» высказали в том числе чернораменские керженские и городецкие иноки и инокини (Российская государственная библиотека). Для решения вопроса в 1779 г. в Москве был созван «перемазанский» Собор, на котором Михаил Калмык и инок Никодим отстаивали приём в старообрядчество через отречение от ересей, но победили сторонники приёма через миропомазание. Исследователям известны послания Михаила Калмыка 1780–1781 гг. с изложением своей точки зрения по данному вопросу. После Собора Стародубье утратило ведущие позиции среди старообрядцев-поповцев, передав лидерство Иргизским монастырям. Недовольные решением Собора Михаил Калмык и Никодим предприняли попытку найти архиерея для старообрядцев. В 1781 г. они побывали у наместника Малороссии графа Петра Александровича Румянцева-Задунайского, который предложил им обратиться к императрице и Синоду с прошением о назначении для старообрядцев архиерея. После смерти Никодима в 1784 г. Михаил Калмык отошёл от этой идеи, озабоченный нарастанием споров в стародубских слободах. Сближением части старообрядцев («согласных») с православной церковью в Климовой слободе активно занимался в 1788–1791 гг. священник Андрей Журавлёв. Михаил Калмык не присоединился к этому движению и оставался на позиции «несогласных». Перед кончиной он принял схиму. Имя Михаила Калмыка занесено почти во все родословия старообрядцев-часовенных (см. ст. Часовенное согласие) и замыкает череду священноиноков, имеющих преемственность от отцов дораскольного поставления.