Во время работ, проведённых в Кветерах в 1970 гг., здание церкви было расчищено от растительного покрова, стены укреплены. Последние реставрационные работы были проведены И. Мосулишвили в 2002 г. Архитектурный комплекс включает смежные внутреннюю (около 3,5 тыс. кв. м) и нижнюю (около 25 тыс. кв. м) крепости. Внутренняя крепость обнесена возведённой из булыжника и дроблёного камня оградой (30х85 м), протяжённой с запада на восток. На ее территории находятся малая церковь (в сев.-вост. части), ц. во имя великомученика Георгия (в восточной части), дворец (у северной стены ограды), хозяйственные постройки, фрагменты водохранилища и зданий, предназначение которых исследователи не определили. В стены внутренней крепости встроено семь круглых и прямоугольных башен. Наилучшую сохранность имеет северо-западная восьмиугольная (четырёхугольная в плане) и руинизированная в верхней части башня для наблюдений (ныне высота 9 м), находящаяся близ въездных ворот. Вода в Кветеры поступала с юго-западной стороны по глиняным трубам. Нижняя крепость расположена на склоне холма, с юга и запада от внутренней крепости, сохранились руины зальной церкви, повреждённые башни и другие постройки. Церковь великомученика Георгия (10,5х9,8 м) исследователи считают одним из памятников грузинской архитектуры, в 2007 г. храм был внесён в предварительный список памятников Всемирного наследия ЮНЕСКО. Церковь представляет собой тетраконх с круглыми экседрами (имеют в плане очертание в три четверти круга) по углам подкупольного квадрата, между апсидами. Её архитектура напоминает архитектуру малой купольной церкви монастыря Дзвели-Шуамта, однако Кветеры отличается изяществом форм и большей декоративностью. Перед полукружиями апсид устроены вимы (по оси «восток-запад» более продленные). В храме два входа: с юга и запада, прямоугольные снаружи и арочные изнутри. К западному входу были пристроены ворота (фрагменты зафиксированы Г.Н. Чубинашвили в 1930–1940 гг.), исследователи полагают, что этот вход был парадным, поскольку другие строения комплекса расположены с северо-запада от храма. Для освещения храма в алтарной апсиде устроены три окна, в остальных трёх рукавах креста и экседрах – по одному, в барабане купола – шесть. Косяки окон, узкие снаружи, значительно расширяются внутрь. Храм облицован известковым туфом. При оформлении фасадов не применялась орнаментальная резьба, типичная для архитектуры Кахети данного периода; зодчий использовал другие приёмы: совмещение разных объёмов (апсиды и экседры), многоуровневое решение перекрытий (апсиды, тромпы и экседры), размещение на фасаде двойных и тройных валиков с протянутой над ними аркатурой.