В июле 1604 г. миссия отправилась в путь через Германию, Польшу и Россию и прибыла в Персию только в декабре 1607 г.; военный советник и один из монахов умерли в Царицыне. Кармелиты основали монастырь в Исфахане и ряд зависящих от него госпиталей. Миссионерские пункты в Персии и Индии возглавлял провинциальный викарий, его резиденция находилась сначала в Исфахане, а затем в Гоа, где была колония португальцев. В 1629 г. папа Римский Урбан VIII учредил в Исфахане кафедру, которую занимали епископы из числа босых кармелитов. Монахи занимались окормлением моряков и купцов из католических стран и поддерживали контакты с восточными христианами, в том числе принадлежавшими к Сирийской Малабарской церкви; кармелиты старались склонить их к унии с Римом. Основатель миссии в Басре пресвитер Василий Благовещения организовал переселение части местных христиан в Португальскую Индию. В конце XVIII в. персидская миссия прекратила работу, кармелиты вернулись в Персию в 1899 г. (с 1929 г. – в Абадане), но в 1952 г. были выдворены властями. Миссионерская деятельность кармелитов в Индии началась в 1620 г., когда в Гоа был основан монастырь с новициатом и коллегией, где несколько лет преподавал пресвитер Филипп Пресвятой Троицы, один из крупнейших богословов Ордена. По поручению папы Римского Александра VIII босые кармелиты проповедовали среди христиан Малабарской церкви, которые расторгли в 1653 г. унию с Папским престолом, заключённую на Диамперском соборе (1599 г.). К 1662 г. стараниями кармелитов часть малабарских христиан вернулась к унии с Римом, образовав Сиро-Малабарскую католическую церковь. Однако в 1663 г. Малабарское побережье захватила Голландия, и католические миссионеры, в том числе апостольский викарий кармелитов – пресвитер Иосиф Пресвятой Девы Марии (мирское имя – Джузеппе Мария Себастьяни), были выдворены из страны. Другие кармелиты основали обители в Чатиате (1673 г.) и Вераполи (1674 г.), при которой в 1682 г. была организована семинария. В 1700 г. папа Римский Иннокентий ХII добился от Голландии согласия на возобновление деятельности апостольского викариата Малабара с центром в Вераполи, назначив апостольским викарием Анджело Франциска святой Терезы. В 1709 г. из-за конфликта между Португалией и Папским престолом два монастыря босых кармелитов были переданы ораторианам, апостольский викариат Малабара был преобразован в апостольский викариат Вераполи, где к середины 1760 гг. насчитывалось 19 приходов латинского обряда и 53 прихода Сиро-Малабарской католической церкви, в которых служили 11 кармелитов и 163 местных священника. После упразднения Ордена иезуитов (1773 г.) кармелитам было поручено взять под опеку иезуитские миссии в Индии. В 1850 г. апостольский викариат был передан капуцинам. Инициатором миссии итальянской конгрегации босых кармелитов на Ближнем Востоке был пресвитер Проспер Святого Духа, который в 1620–1625 гг. был приором в Исфахане. После возвращения в Рим он представил проект создания миссионерского центра в Алеппо (Халебе) и возвращения на Кармил. Его стараниями в 1627 г. был основан монастырь босых кармелитов в Алеппо, в 1631 г. приобретён участок земли на горе Кармил, на котором в 1634 г. открыт монастырь.