В.С. Калинникову посвящено два духовных хора из ор. 9 Голованова: «Отче наш» и «Ныне силы небесныя». Духовно-музыкальные сочинения В.С. Калинникова исследователи разделяют на две группы: песнопения литургии и песнопения всенощного бдения, причём большинство песнопений литургии создано раньше, а песнопения всенощной – позже. Даты сочинения отдельных песнопений могут быть установлены лишь приблизительно – по литографированным сборникам и программам концертов Синодального хора, а также по издательским каталогам фирмы Петра Ивановича Юргенсона. В концертные программы Синодального хора вошли почти все духовно-музыкальные сочинения В.С. Калинникова; у исследователей есть свидетельства, что некоторые из них исполнялись и на клиросе Успенского собора Московского Кремля. Эти исполнения проходили под управлением руководителей Синодального хора Василия Сергеевича Орлова, Александра Дмитриевича Кастальского, Николая Михайловича Данилина, Николая Семёновича Голованова. №1–12 «Литургии» В.С. Калинникова (Херувимская №1, «Тебе поём» №1, «Достойно есть» знаменного распева (№1), «Во Царствии Твоем» №2, «Отче наш», «Достойно есть» №2, «Слава, и ныне: Единородный», «Приидите, поклонимся», «Верую») были изданы в фирме П.И. Юргенсона и исполнены между 1904 и 1912 гг. («Херувимская №1 была впервые исполнена Синодальным хором 16 марта 1903 г., ещё до её представления в Наблюдательный совет). П.И. Юргенсон также издал переложения для однородного хора ряда номеров «Литургии» В.С. Калинникова, выполненные Павлом Григорьевичем Чесноковым («Господи, спаси» и «Святый Боже», «Милость мира», «Тебе пом» №2, «Достойно есть» знаменного распева, «Отче наш»). № 13 и 14 («Благослови душе моя Господа» и «Камо пойду от Духа Твоего») были опубликованы в 1914 г.; новый вариант Херувимской песни (№21) – в 1917 г. Песнопения Всенощной В.С. Калинникова (№15–20) относятся к 1914–1918 гг. Таким образом, литургия представлена в творчестве В.С. Калинникова с достаточной полнотой, всенощная – в сильно сокращённом виде. В регентской среде бытовала рукопись «Литургии» в стиле Нового направления, которую относили к послереволюционному периоду творчества В.С. Калинникова, но ни автографа, ни каких-либо иных неоспоримых свидетельств о существовании такого цикла у В.С. Калинникова не сохранилось. В анкете Общества по охране авторских прав (Драмсоюз), заполненной В.С. Калинниковым 10 ноября 1924 г., он указывает в качестве своих духовно-музыкальных произведений только изданные П.И. Юргенсоном 24 номера. Имя В.С. Калинникова обычно называлось в «первой пятёрке» Нового направления (вместе с А.Д. Кастальским, А.Т. Гречаниновым, П.г. Чесноковым, Александром Васильевичем Никольским). В отличие от большинства представителей этого направления и подобно А.Т. Гречанинову В.С. Калинников отдавал предпочтение не переложениям традиционных распевов, а свободному сочетанию их элементов и сочинению «под распев».