31 июля 1802 г. жившие на Кадьяке православные миссионеры писали в Синод, что не могут вести просветительскую работу среди местного населения, т.к. не имеют поддержки со стороны администрации Российско-Американской компании. Школа для местных детей, открытая на Кадьяке в 1794 г., прекратила существование не позднее 1800 г. На помощь миссионерам в 1803 г. был командирован из Александро-Невской лавры иеромонах Гедеон (Федотов), прибывший на Кадьяк в июне 1804 г. Он возглавлял миссию до 1807 г. В 1805 г. на острове заботами иеромандрита Гедеона была устроена школа для детей крещёных алеутов. В августе 1808 г. по решению главы Российско-Американской компании А.А. Баранова центром миссии на Аляске стал город Новоархангельск (ныне Ситка) на острове А.А. Баранова. В начале XIX в. главное правление Российско-Американской компании неоднократно выступало против назначения на Аляску епископа, поскольку нести расходы по содержанию епископской кафедры было затруднительно. В письме руководства компании к обер-прокурору Александру Николаевичу Голицыну от 7 октября 1810 г. говорилось: «Не настоит никаких видов надобности в посвящении в тот край епископа... несравненно полезнее иметь там особ белого духовенства». Ссылаясь на то, что после гибели епископа Иоасафа (Болотова) Кадьякская миссия не смогла добиться значительных успехов в деле христианизации местного населения (в частности, не удалось подобрать кандидата из местных жителей для рукоположения в священный сан), Синод 28 октября 1810 г. принял постановление об упразднении Кадьякского викариатства. Было решено «производство вновь епископа на Кадьяк отменить», лучших воспитанников кадьякской церковной школы направлять в Иркутск для рукоположения в священный сан. Однако император Александр I 15 марта 1811 г. отменил указ об упразднении Кадьякского викариатства, потребовав от Синода «особенное попечение о приискании достойного кафедры, имущего занять место епископа Кадьякского». Надежды на активизацию миссионерской деятельности на Аляске были связаны с тем, что в феврале 1810 г. в Санкт-Петербурге впервые был рукоположён во иерея уроженец Кадьяка П. Лавров, направленный Синодом на служение в учрежденный приход в Новоархангельске. Однако из-за погодных условий, а также из-за конфликта с чиновниками Российско-Американской компании священник отказался от назначения на Аляску и в конце 1811 г. получил один из приходов в Иркутской губернии. Между 1811 и 1815 гг. Кадьякское викариатство было упразднено. Об этом свидетельствует указ Синода от 9 марта 1815 г., в котором Иркутскому епископу предписывалось найти священника для служения в Русской Америке в качестве настоятеля храма миссии. Архиерейская кафедра на Аляске была возобновлена в ноябре 1840 г. в качестве самостоятельной Камчатской, Курильской и Алеутской епархии с центром в Новоархангельске. В связи с продажей Россией США 18 октября 1867 г. Аляски и Алеутских островов Синод 10 июня 1870 г. преобразовал епархию в Камчатскую, Курильскую и Благовещенскую и учредил Алеутскую и Аляскинскую кафедру (с 9 февраля 1900 г. – Алеусткая и Североамериканская). В настоящее время город Ситка является центром Аляскинской епархии Православной Церкви в Америке.