Влияние христианства в Персидской Армении также беспокоило шаханшаха. При Йездигерде II была неудачная попытка возродить там зороастризм в качестве государственной религии. Инициатором выступил главный министр Михр-Нарсе, проявивший себя в борьбе с христианством уже при Вахраме V. От имени Йездигерда II он отправил армянской знати указ, содержание которого изложено в сочинениях армянских историков-вардапетов Лазара Парпеци и Елише. В указе содержался призыв к армянам обратиться в зороастризм, а христианство объявлялось губительной для народа религией. Положительный пример Армении должен был также способствовать примирению с Сасанидами царств Иверия и Кавказская Албания, где к этому времени христианство также преобладало. Собор Армянской Апостольской церкви, в котором приняли участие также представители знати, созванный в Арташате, отказался выполнять требования персов. Тем не менее, Йездигерд II, занятый войной с гуннами, был удовлетворён демонстративным признанием маздеизма некоторыми из армянских нахараров во главе с марзпаном Армении Васаком Сюнийским. Йездигерд II сохранил за армянской знатью её привилегии и владения, взял в заложники несколько аристократов и в 450 г. отправил в Армению больше 700 жрецов-магов для подготовки страны к обращению в свою веру. В результате этого армянские нахарары во главе с Варданом Мамиконяном вскоре подняли восстание, а христианское духовенство благословило их на священную войну. Внутренние разногласия аристократических семей в Армении помешали их совместным действиям против персов. Марзпан Армении Васак Сюнийский, занимавший должность с 443 г., сохранил верность иранскому двору и принял зороастризм. Восставшие христиане тщетно искали помощи у Византии; империя была озабочена охраной границ от нападений гуннов Аттилы. И всё же активное противодействие армян новой политике персов сделало невозможным их примирение с сасанидской администрацией. После завершения войны на востоке Йездигерд II отправил в Армению главные силы своей армии. 26 мая 451 г. в Аварайрской битве персы разбили восставших. Вскоре в Иран были отправлены захваченные в плен предводители восстания и не лояльное к персам христианское духовенство. Многие из них, в том числе католикос Иосиф I (Овсеп) Вайоцдзоци, были казнены. Васак, не оправдавший доверия центральной власти, был снят с должности марзпана, лишился всего имущества, был заключён в тюрьму и вскоре умер. После казни христианских священников новые марзпаны, назначаемые Йездигердом II в Армению уже из числа иранцев, пытались улучшить отношения с местным населением, и после смерти Йездигерда II свобода вероисповедания в Армении была восстановлена.